Henri Hubert naît à Paris le 23 juin 1872 dans une famille aisée. Son père, retiré des affaires, l'encourage tôt à avoir des distractions intellectuelles et artistiques. De 1884 à 1890, il étudie au lycée Louis-le-Grand (voir 2016001/1-2016001/4) ; très bon élève, il remporte un premier prix au Concours général. Il obtient une licence à la Sorbonne et est admis en 1892 à l’École normale supérieure (voir 2016001/5-2016001/10), où il devient bibliothécaire adjoint auprès de Lucien Herr, qui exerce une grande influence sur lui. Trois ans plus tard, il est reçu troisième à l'agrégation d'histoire et entre à l’École pratique des hautes études (voir 2016001/11-2016001/15), où il s'inscrit notamment au cours d'assyrien de l'abbé Quentin. Il commence en 1896 une thèse sur la déesse syrienne, qu'il ne terminera jamais.
Cette même année, il se lie d'amitié avec Marcel Mauss (neveu d’Émile Durkheim), avec lequel il contribue à L'Année sociologique. Via cet organe, ils contribuent à l'introduction et au développement des thèses durkheimiennes dans les domaines de l’histoire des religions, de la mythologie, de l'ethnographie comparée et de la protohistoire. Ils y publient notamment leurs articles « Essai sur la nature et la fonction sociale du sacrifice » (1899) et « Esquisse d'une théorie générale de la magie » (1904) (voir 2016001/117-2016001/119). Les hypothèses développées dans ces deux textes sont remises en perspective dans leur ouvrage commun Mélanges d'histoire des religions, publié en 1909 (voir 2016001/150-2016001/151). Hubert consacre beaucoup de temps aux dépouillements et critiques d'ouvrages en anglais, allemand, italien et espagnol pour alimenter les rubriques de la revue (il y publie quelque 479 notices et comptes rendus). Il confronte ensuite les savoirs qu'il engrange par ce biais à ses observations du matériel archéologique et ethnographique.
De fait, depuis 1898 il occupe un poste d'« attaché libre » au musée des Antiquités nationales. Au moment où y entrent une grande quantité d'objets, il procède au classement des collections et à la conception des aménagements muséographiques, en tenant compte – chose nouvelle – des provenances et des contextes archéologiques (voir 2016001/182-2016001/197). Il supervise successivement l’aménagement des salles de l’âge du bronze et de l’époque de Hallstatt, de la mythologie, des métiers et de la céramique gallo-romaine. Il s'attaque ensuite à la mise en valeur des collections de Frédéric Moreau, du baron Joseph de Baye, de Paul du Chatellier, d’Édouard Piette et de Jacques de Morgan. Son travail minutieux de réévaluation du matériel archéologique le conduit à mettre au point sa méthode fondée sur la restitution d'ensembles clos pour les comparer, saisir les éventuelles concomitances et en déduire une chronologie par l'étude des variations au sein de ces assemblages. Hubert perfectionnera encore cette méthode après la Première Guerre mondiale, à l’occasion du tri et du classement des séries provenant des fouilles des sites de La Quina et du Roc de Sers (fouilles Léon Henri-Martin, Charente) ou du Fort-Harrouard (fouilles de l’abbé Philippe, Eure-et-Loir). Il fait acquérir ces séries pour le musée, après avoir parfois participé aux fouilles.
Parallèlement, Henri Hubert consacre une partie de son temps à l'enseignement. Il est élu en 1901 maître de conférence au sein de la section des sciences religieuses à l’École Pratique des Hautes Études (il y occupe la chaire des « religions primitives de l’Europe ») (voir 2016001/17-2016001-46). En 1906, il est chargé du cours d’archéologie nationale à l’École du Louvre (ethnographie préhistorique de l’Europe)(voir 2016001/47-2016001/116).
De 1898 à 1910, il effectue plusieurs voyages (voir 2016001/209-2016001/215), notamment un « tour du monde » en 1902-1903. Il initie ce dernier après l'obtention d'une mission du ministère de l’Instruction publique pour représenter l’École pratique des hautes études au Congrès international des Orientalistes de Hanoï. Après ce congrès, il voyage au Japon et aux États-Unis, en profitant pour constituer un réseau de correspondants et procéder à des échanges de matériel archéologique et ethnographique et de moulages.
En 1910, Hubert est nommé conservateur adjoint au musée des Antiquités nationales. Dans les fait, il exerçait déjà ce rôle : la correspondance conservée au musée et à la bibliothèque Méjanes à Aix-en-Provence semble montrer que Reinach et lui se sont réparti les tâches d'administration et de gestion de l'établissement (voir 2016001/200-2016001/208). Le premier siège dans les instances administratives, assume un rôle de représentation officielle ainsi qu’un rôle moteur au sein de sociétés savantes et de comités de rédaction de revues savantes ; le second conduit quotidiennement les travaux de remaniement et d’aménagement des salles, de supervision des restaurations de collections, de repérage et d'estimation d’objets et de collections en vue d’acquisitions (voir 2016001/198-2016001/199). Cette année 1910 marque néanmoins le moment à partir duquel Hubert se consacre entièrement à l’organisation de la salle de comparaison, secondé par Henri Beuchat. Il est encouragé et inspiré dans cette tâche par son voyage autour du monde et l'amitié de collègues tels que Enrico Giglioli, directeur du Muséum d'histoire naturelle de Florence. Pour sa démonstration, Hubert choisit d'organiser la salle d'archéologie comparée à partir de deux grandes idées : selon un premier axe, offrir tout d'abord une vision globale des sociétés humaines anciennes et sub-contemporaines en montrant leur variété géographique et chronologique, puis selon d'autres axes transversaux évoquer leur succession chronologique, en les ordonnant selon leurs niveaux techniques (Jean-Pierre Mohen, « Henri Hubert et la salle de Mars », Antiquités nationales, 1980-1981, p.88-89). L'historien-archéologue souhaite faire saisir au visiteur que d'un continent à l'autre, et parfois à des époques différentes, des sociétés humaines ont connu un niveau de développement comparable, maîtrisé des capacités techniques similaires, ou au contraire créé des objets répondant à des fonctions identiques mais aux formes ou aux décors extrêmement différents, déterminés par des choix culturels spécifiques ou de fortes valeurs symboliques. Bien qu'inachevée à la mort d'Hubert et à l'origine de tensions entre lui et Reinach lorsqu'il en reprend la mise en œuvre après sa démobilisation, cette salle des comparaisons fait l'admiration de plus d'un de ses contemporains, à commencer par Mauss.
Par ailleurs, avant la guerre et dans le cadre de sa participation à la sous-commission des monuments préhistoriques (voir 2016001/216-2016001/244), Hubert contribue à la préparation d’un projet de loi sur les fouilles, déclinaison de la loi sur les monuments historiques de 1887 révisée et augmentée en 1913. Cette loi, les milieux scientifiques l'ont appelée de leurs vœux, à la suite de l'exportation de certaines découvertes de Dordogne par le préhistorien-antiquaire suisse Otto Hauser. Le texte est défendu au Sénat par Théodore Reinach, mais le projet d’organisation d’un véritable service des fouilles, à la tête duquel le musée des Antiquités nationales devait jouer un rôle prépondérant, ne verra pas le jour ; seuls sont créés des « laboratoires de recherche préhistorique » tels que celui des Eyzies-de-Tayac (Dordogne).
En 1914, Henri Hubert est mobilisé et affecté au sous-secrétariat à l’artillerie. Il entre dans le cercle des collaborateurs d’Albert Thomas, et participe avec lui à une mission en Russie. En 1918, il devient organisateur des dépôts d’œuvres d’art à l’arrière du front français pour le ministère de l’Instruction Publique (voir 2016001/225-2016001/232). Il est retenu après l'armistice pendant quelques temps pour réorganiser les musées de villes bombardées. Pour ces services rendus, il est nommé en 1920 chevalier dans l'ordre de la Légion d'honneur.
L'année précédente, il avait réintégré son poste au musée et repris ses activités d'enseignement. Mais sa santé l'oblige à se faire seconder dans son travail de conservateur et remplacer pour certains de ses cours à l’École du Louvre par Olov Janse. Très affecté par la mort de Durkheim en 1917 et plus encore en 1924 par celle de sa femme Alma Schierenberg, épousée en 1910, il s'éteint à Chatou le 25 mai 1927. Deux ouvrages de synthèse qu'il préparait encore à la veille de sa mort seront publiés de manière posthume : le premier sur les Celtes (en 1932), (voir 2016001/175-2016001/180), le second sur les Germains (en 1952).