Le fonds Henri Hubert mêle intrinsèquement des archives publiques et des archives privées. Il est constitué essentiellement de dossiers de travail rassemblant des documents divers : carnets, notes manuscrites, tapuscrits, rapports, listes, lettres, cartes postales, croquis, dessins, cartes, tirages photographiques, revues, brochures, coupures de presse, extraits de notice, extraits de publications, tirés à part, factures, etc.
Ces dossiers sont classés dans huit grandes parties ayant trait à :

• la formation d'Henri Hubert au lycée Louis-le-Grand, à l’École normale supérieure et à l’École pratique des hautes études ;
• ses activités d'enseignant à l’École pratique des hautes études et à l’École du Louvre ;
• ses nombreux travaux de recherche en vue de publications ;
• ses activités d'attaché libre puis de conservateur adjoint au musée des Antiquités nationales (étude des collections et muséographie, acquisitions, gestion administrative, correspondance) ;
• ses voyages et missions sur le territoire français et à l'étranger ;
• sa participation à la sous-commission des monuments préhistoriques ;
• ses activités durant la Première Guerre mondiale et les mois qui suivirent l'armistice ;
• le rassemblement de ses ressources documentaires ;
  Une partie concerne ensuite sa vie privée, et le dernier article renferme de la correspondance postérieure à 1927.

Album Cournault n°4, planche 80, Contours du casque de Breuvannes, conservé au musée des Antiquités nationales de Saint-Germain-en-Laye. Dessin à l'encre noire sur papier teinté bleu, daté de 1882, signé Ch. Cournault. L. 0,434 x h. 0,290 m.

Trois épreuve photographiques n. & bl. du dieu dit de Bouray (MAN 76551 ; dos, profil, face) à partir des plaques de verre 18x24 numérotées CG 1034, CG 1035 et CG 1036, épreuves collées sur papier. S.d. H. 0,275 m ; l . 0,386 m.
Centre des archives, Album noir n°24A Yvelines (ex. Seine-et-Oise), feuillet 35.

Plaque de verre collodion 39x48, « Attaque d’un camp romain », tableau de Gustave Auguste Brion, initialement peint pour le tome 2 de l'Histoire de Jules César, puis présenté dans la salle XIII du musée des Antiquités nationales.

Plaque de verre collodion 39x48, « Soldats romains combattants », tableau de Gustave Auguste Brion, initialement peint pour le tome 2 de l'Histoire de Jules César, puis présenté dans la salle XIII du musée des Antiquités nationales.

Positif de la plaque de verre collodion 39x48, « Soldats romains combattants », tableau de Gustave Auguste Brion, initialement peint pour le tome 2 de l'Histoire de Jules César, puis présenté dans la salle XIII du musée des Antiquités nationales.

Positif de la plaque de verre collodion 39x48, « Attaque d’un camp romain », tableau de Gustave Auguste Brion, initialement peint pour le tome 2 de l'Histoire de Jules César, puis présenté dans la salle XIII du musée des Antiquités nationales.

Plaque de verre 27x33, ensemble d'armes d'Alise-sainte-Reine, pointes de lances, à leur arrivée au Musée gallo-romain et photographié dans la cour du château de Saint-Germain-en-Laye en cour de restauration.

Plaque de verre 27x33, Ensemble d'épées et pointes de lances provenant d'Alise-Sainte-Reine (avec cartels), à leur arrivée au Musée gallo-romain.

Plaque de verre 27x33, Ensemble d'épées provenant d'Alise-Sainte-Reine (avec cartels).