Le fonds est constitué de trois séries d’importances inégales :
- une série topographique : les planches concernant la France, qui constituent la majorité du fonds (385 planches), ont été distinguées des planches relatives aux pays étrangers (134 planches). Elles sont classées par pays pour les pays étrangers et par département et par commune pour la France. Cette série révèle l’importance de certains territoires géographiques comme les départements du Gard et de la Côte-d’Or ou de pays étrangers comme la Suisse ;
- une série typologique (163 planches) : regroupant des planches où la provenance des objets est mixte et qui se distinguent par une unité typologique de formes. Cinq ensembles ont été définis : armes, outils, parure et costume, récipients, sculpture, eux-mêmes subdivisés en sous-séries ;
- une série thématique (52 planches) constituée d’un dossier sur le signe S et d’un autre sur la figure du Gaulois.
Les planches sont cartonnées, de couleurs différentes et de dimensions standard, 22,5 x 28,8 cm, à de rares exceptions près (plusieurs planches concernant Bourges sont légèrement plus petites). Elles ressemblent beaucoup à celles utilisées par le musée d’Archéologie nationale à la même époque. La plupart des planches sont annotées : l’écriture d’Édouard Flouest y est reconnaissable, citant souvent à la première personne ses propres publications. L’appartenance des planches non annotées au fond est cependant plus incertaine, mais elles restent minimes. Rares sont les dessins directement réalisés sur les planches, il s’agit plus généralement de dessins réalisés sur papier ou sur calque qui ont ensuite été collés sur les planches cartonnées. L’une d’elle a été découpée pour donner à voir le recto et le verso de la feuille portant les dessins. D’autres documents graphiques sont également présents, comme des photographies ou des planches imprimées, extraites d’ouvrages ou d’articles publiés. Si Édouard Flouest avait un réel talent de dessinateur et aimait dessiner les objets d’après nature, ce qu’il signale souvent sur son dessin (ad. nat.), il copie bien souvent également les dessins d’autres archéologues qu’il mentionne expressément (« calque d’après un croquis de »). Nombre de ses planches ont ainsi été calquées sur les albums Cournault conservés soit au MAN, soit à la Bibliothèque nationale de France. D’autres recopient des dessins de Léon Alègre, d’Henry Revoil, de Jules Gaveau, d’Émilien Dumas, de Charles Bosteaux, de Joseph de Baye, du docteur Bourrée, de Pauline Hesse (ce dernier transmis par Ernest Chantre), etc. De nombreux dessins reprennent les illustrations d’ouvrages publiés, en particulier celui d’Edmond Tudot sur Collection de figurines en argile : œuvres premières de l’art gaulois avec les noms des céramistes qui les ont exécutées (1850), ceux de Grivaud de la Vincelle sur les Arts et métiers des Anciens et le Recueil des Monuments antiques, les catalogues de la vente de la collection Julien Gréau (1885) et celui de la collection H. Hoffmann (1888) par Fröhner et l’Essai sur les Dolmens du baron de Bonstetten (1865). Quelques rares dessins sont produits par des contacts d’Édouard Flouest, au nombre desquels se trouvent Charles Cournault, Léon Maxe-Verly, Henri Baudot, Ludovic Vallentin du Cheylard, A. de Serres, Henri Lorimy, M. Petitot-Bellavène, Victor Gross, Jules Chevrier, Jules Ollier de Marichard, Léon Morel, Auguste Nicaise et Charles Royer.
L’instrument de recherche présente une description de chaque planche du fonds, signalant les objets représentés, leur provenance et leur lieu de conservation lorsqu’ils étaient indiqués. Au sein d’un article, les planches se suivent sans retour à la ligne. Les références bibliographiques, dont la plupart sont signalées par Édouard Flouest lui-même, ont été ajoutées à la fin de chaque article.
