Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Le fonds Casimir Creuly comprend actuellement 23 carnets de notes de voyages datés de 1857 à 1872, avec quelques ajouts de 1874 dans l’un des carnets. Ils contiennent des relevés d'inscriptions au crayon à papier et/ou à la plume, avec indication schématique du contour et de l’iconographie du bloc inscrit. Les copies sont généralement annotées (lieu de conservation, date de copie, éventuellement lieu et date de découverte, dimensions et notes diverses). Certains carnets sont agrémentés de dessins d’objets archéologiques ou de monuments mégalithiques, de manière anecdotique cependant.
Concernant près de 15 ans d’activité épigraphique de leur auteur, ces carnets témoignent des voyages entrepris par Casimir Creuly sur tout le territoire français et également à l’étranger (Allemagne, Suisse). Si certaines inscriptions sont des copies de relevés ou d’estampages de Félicien de Saulcy ou d’autres savants, Casimir Creuly fait de nombreux relevés d’inscriptions devant les monuments eux-mêmes, dans les musées, des édifices publiques, mais aussi chez des particuliers. Les inscriptions collectées montrent son intérêt pour les inscriptions provenant de toutes les provinces romaines de Gaule (Gaule Narbonnaise, Gaule Lyonnaise, Gaule Aquitaine, Gaule Belgique) et rappellent à quelques occasions ses travaux antérieurs sur l’Afrique du nord.
Dans ses carnets, Casimir Creuly fait de nombreuses fois référence à des estampages.
À cet ensemble s’ajoutent quelques feuillets de notes manuscrites, en particulier un mémoire sur le Portus Itius.

Copies d'inscriptions du musée algérien du Louvre [p. 1-7], de Toulouse (1857) [p. 8], du Puy (1857) [p. 8 verso-9], de Nizy-le-Comte (2 juillet 1859) [p. 10 recto], de Cherbourg (juillet 1859) [p. 10 verso-11], notes sur les voies romaines de Carentan (6 août 1859) [p. 12 recto], copies d’inscriptions du musée de Bayeux (août 1859) [p. 12 verso-14], notes et dessin de reliefs du musée de Caen (août 1859) [p. 15-16 recto], copies d’inscriptions d'Alise-Sainte-Reine (septembre 1859) [p. 16 verso ; p. 17 verso], du musée de Dijon (septembre 1859) [p. 17 recto ; p. 18-28 recto ; p. 34 recto ; p. 39-45], de Beaune (septembre 1859) [p. 28 verso-29 recto], d'Autun (septembre 1859) [p. 29 verso-38], d'Auxerre (21 septembre 1863) [p. 46-48 recto], de Triguères (septembre 1863) [p. 48 recto]et d'Autun [p. 48 verso], notes diverses [p. 52 verso-55].

Copies d'inscriptions de Mayence (6 août 1864 dont 3 inscriptions de Wiesbaden) [p. 1-25], Bâle (8 août 1864) [p. 26-29 recto], Lausanne (11 août 1864) [p. 29 verso-32 recto], Saint Maurice (11 août 1864) [p. 32 recto-33], Martigny (11 août 1864) [p. 34], Vevey (11 août 1864) [p. 35 recto], Genève (13 août 1864) [p. 35 recto-41 verso], Avenches (16 août 1864) [p. 41 verso-44 ; p. 46 verso-47], Villars, Morat (16 août 1864) [p. 44 verso-45 verso], Amsoldingen (18 août 1864) [p. 45 verso-46], Soleure (22 août 1864) [p. 47 verso-49 verso] ; notes [p. 48 bis ; p. 51].

Copies d'inscriptions de Caen (2 mai et 2 juin 1865) [p. 1-2], Pau (juin 1865) [p. 3], Bagnères-de-Bigorre (23 juin 1865) [p. 4-5], Dax (3 juillet 1865) [p. 6-7], Agen (4 juillet 1865) [p. 8-9], Melun (13 juillet 1865) [p. 10-12], inscriptions et estampages envoyés par le docteur Long de Die et Luc (sans date) [p. 13-21], Langres (3 août 1865) [p. 22-47].

Copies d'inscriptions d'Autun (13 septembre 1865, dont inscription de Bourbon-Lancy) [p. 1-5], Beaune (14 septembre 1865) [p. 5], Avignon, Nîmes, Carpentras, Vaison-la-Romaine, Bastide d'Engras, Rousset (Drôme), Orange, Marseille, Aix-en-Provence, Roussillon, Tresques, Marseille, Valréas et alentours (15 au 17 septembre 1865) [p. 6-40].

Copies d'inscriptions de Nîmes (septembre 1865, 13 novembre 1866) [p. 1-21], du musée de Saint-Germain [p. 22-23], transcriptions de copies de Chalon-sur-Saône et Mâcon par Marcel Canat [p. 24-31], copie d'inscription d'un archidendrophore (d’après un d'estampage transmis par Saulcy) [p. 32], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (8 juin 1867) [p. 33-35], copies des inscriptions nouvelles de Nîmes publiées par l'académie du Gard dans ses Mémoires de septembre 1864 à août 1865 [p. 36-40], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (23 avril [?]) [p. 41], dessin d’une portion du mur gaulois de Vertault (13 mai 1870) [p. 42].

Copies de 112 inscriptions de Bordeaux (5-9 novembre 1866) [p. 1-41].

Copies de 138 inscriptions de Bordeaux (9 novembre 1866) [p. 1-3], Narbonne (11 novembre 1866) [p. 4], Béziers (11 novembre 1866) [p. 5-14 recto], Nîmes (13 novembre 1866) [p. 14 recto-17], Arles (14 novembre 1866) [p. 18-40].

Copies d'inscriptions d'Arles (18 novembre 1866) [p. 1-12], Avignon (21 et 24 novembre 1866) [p. 13-15 ; p. 24], Carpentras (22 novembre 1866) [p. 16-17 ; p. 18-23], Malaucène (23 novembre 1866) [p. 18], Vienne (26 novembre 1866) [p. 25-31], Dijon (27 novembre 1866) [p. 32] et quelques inscriptions du musée de Saverne d'après les estampages envoyés par le colonel de Morlet en 1865 [p. 33], inscription indéterminée [p. 39].