Maurice Piroutet est chargé d'une mission scientifique en Nouvelle Calédonie en 1901 puis en 1905-1906 et 1909. Préparateur de la chaire de paléontologie au Museum d'histoire naturelle de 1916-1918, il entreprend en parallèle une thèse de doctorat sur la géologie de la Nouvelle Calédonie qu'il soutient en 1917. Devenu professeur au collège de Salins (Jura), il consacre ses loisirs à des recherches archéologiques dans les environs. Il découvre la grotte des Planches, les stations préhistoriques de Marnoz, de Clucy, du Poupet et le camp de Mesnay. Il conduit des fouilles importantes dans les nécropoles tumulaires de la Forêt des Moidons et dans la cité hallstattienne de Château-Salins. Collaborateur de la carte géologique de la France et membre correspondant de la commission des monuments historiques (section de préhistoire), il est conservateur du musée archéologique de Lons-le-Saunier. Il termine sa carrière comme assistant de géologie appliquée à la Faculté d'Alger (1933).
Membre de la Société d'émulation du Jura, il est aussi membre de la Société d'agriculture, sciences et arts de Poligny, de la Société d'émulation du Doubs (1898-1939) et de la Société préhistorique française.