Après des études de géologie et de mathématiques à Berne, Paris et Freiberg (1838-1846), Adolphe Morlot devient Inspecteur des mines au service de l’État autrichien et travaille à la cartographie géologique des Alpes de 1846 à 1851.
Devenu professeur à l'Université de Lausanne (1851-1854), il découvre en 1854 dans le Léman, en compagnie de Frédéric Troyon, les stations palafittiques de Morge qui l'amènent à se consacrer à l'étude de la Préhistoire. En 1865, il est nommé conservateur des collections archéologiques du canton de Berne, poste qu'il occupe jusqu'à sa mort.