Eugène Stoffel entre à Polytechnique avant d'entamer une carrière militaire. Tour à tour chef d'escadron puis officier d'ordonnance de l'empereur Napoléon III, il est nommé lieutenant-colonel le 21 décembre 1866 puis attaché militaire à l'ambassade de France à Berlin. C'est à ce poste qu'il rédige ses observations sur la Prusse, se lançant dans un véritable espionnage1 et mettant en avant la possibilité d'une guerre.

Promu colonel pendant le siège de Paris (1870-1871), il organise la défense du plateau d'Avron, sans succès. Mis à la retraite en 1872 pour avoir critiqué le gouvernement Thiers, Stoffel se lance dans la politique en se présentant sans succès aux élections législatives de 1873.

Stoffel est également connu pour son rôle dans les campagnes de fouille ordonnées par Napoléon III, et en particulier dans les fouilles des sites de Gergovie, D'Alise-Sainte-Reine et du Puy d'Issolud.