Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Copies d'inscriptions du musée algérien du Louvre [p. 1-7], de Toulouse (1857) [p. 8], du Puy (1857) [p. 8 verso-9], de Nizy-le-Comte (2 juillet 1859) [p. 10 recto], de Cherbourg (juillet 1859) [p. 10 verso-11], notes sur les voies romaines de Carentan (6 août 1859) [p. 12 recto], copies d’inscriptions du musée de Bayeux (août 1859) [p. 12 verso-14], notes et dessin de reliefs du musée de Caen (août 1859) [p. 15-16 recto], copies d’inscriptions d'Alise-Sainte-Reine (septembre 1859) [p. 16 verso ; p. 17 verso], du musée de Dijon (septembre 1859) [p. 17 recto ; p. 18-28 recto ; p. 34 recto ; p. 39-45], de Beaune (septembre 1859) [p. 28 verso-29 recto], d'Autun (septembre 1859) [p. 29 verso-38], d'Auxerre (21 septembre 1863) [p. 46-48 recto], de Triguères (septembre 1863) [p. 48 recto]et d'Autun [p. 48 verso], notes diverses [p. 52 verso-55].

Copies d'inscriptions et d’objets du musée de Besançon (octobre 1859) [p. 1-10 ; p. 40 verso ; p. 42-43], de Sens (1861) [p. 4 verso-8 verso ; p. 41 recto ; p. 48 verso-56], Auxerre (octobre 1859) [p. 11-14], Bordeaux (10 novembre 1859) [p. 15-18], Cahors (11 novembre 1859) [p. 19-20], Limoges (novembre 1859) [p. 21-26], Namur (mars 1861) [p. 26 verso], du musée de Bruxelles (mars 1861) [p. 27 verso-33], de Tongres (sans date) [p. 27-28 ; 29 verso-30], Gand (mars 1861) [p. 33 verso-34], d’Alise (mai-juin 1861, des armes et des objets divers) [p. 35 verso-43 verso], Dijon (mai-juin 1861) [p. 44-46] et Beaune (mai-juin 1861) [p. 46 verso-48 verso].

Copies d'inscriptions et dessins d’objets d'Angers (28 avril 1864) [p. 1-2], de Saumur (29 avril 1864) [p. 2-3], de Poitiers (30 avril-2 mai 1864, dont copie de M. de Longuemar) [p. 4-17], du musée de Niort (3 mai 1864) [p. 18-19], de Périgueux (4 mai 1864) [p. 20-35 recto], Limoges (5 mai [1864 ?]) [p. 35 verso-36], de la Pierre de Jabreilles (6 mai [1864?]) [p. 36-38], La Souterraine, Bridiers, Guéret et environs (sans date) [p. 39-43]. Deux copies de tirages en plâtre du musée de Saint-Germain [p. 44].

Copies d'inscriptions et d’objets du musée d'Amiens (septembre 1861) [p. 1-4], de Rouen (septembre 1861) [p. 5-10], de Lillebonne (sans date) [p. 11], du musée d'Évreux (septembre 1861) [p. 12-13], de Caen et Lisieux (septembre 1861) [p. 14-16], de Coutances (septembre 1861) [p. 17], d'Avranches (septembre 1861) [p. 18], de Corseul (septembre 1861) [p. 19], Dinan (septembre 1861) [p. 20 recto], Sens (sans date) [p. 20 verso ; p. 26], musée de Saint-Brieuc (septembre 1861) [p. 21-22], musée des Beaux-arts et musée archéologique de Dijon (sans date) [p. 23-25], Sens (sans date) [p. 26], Évreux (sans date) (p. 27-28], Neuvy-sur-Barangeon (février 1862) [p. 29-30], musée de Bourges (février 1862) [p. 31-32] et musée de Nevers (sans date) [p. 32-33].

Notes sur Cherbourg [p. 1-6], sur les découvertes archéologiques, numismatiques et épigraphiques du département de la Manche [p. 6-33 recto], copies de 3 inscriptions de Valogne [p. 33 verso-34] et notes sur les camps romains de la Manche [p. 35-38].

Notes sur Évry (10 juillet 1864), copies d'inscriptions d'Anvers (26 juillet 1864) [p. 2], Leyde (27-28 juillet 1864) [p. 3-22], Nimègue (31 juillet 1864) [p. 23-38], Cologne (1er août 1864) [p. 39-47].

Copies d'inscriptions de la collection Campana [p. 1-6], notes sur Strabon [p. 7-9 recto], notes sur le musée assyrien du Louvre [p. 9 verso-10], copies d'inscriptions provenant de Sens (avril 1862) [p. 11], du musée de Nantes (avril 1862) [p. 12-13], du musée de Vannes (avril 1862, dont dessins de monuments mégalithiques et d'objets divers de Locmariaquer et Plouharnel) [p. 14-16], Carhaix (avril 1862) [p. 17], de l’église de Lannion (sans date) [p. 18 recto], du musée de Rennes (avril 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 18 verso-20], du musée de Clermont-Ferrand (juin 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 22-28], de Hyères (juin 1862) [p. 28 recto ; p. 30], copies de Saulcy provenant de Béziers (sans date) [p. 28 verso-29], Saint-Rémy (juin 1862, dont dessins des monuments de Glanum - tombeau des Jules et arc) [p. 31-37], Mâcon [p. 38-40] et Châlons-en-Champagne (juin 1862) [p. 41-42], Melun (14 avril 1864) [p. 43], notes diverses [p. 46 recto], observations sur la carte césarienne [p. 46 verso].

Copies d'inscriptions de Narbonne (10 mars 1863, dont notes sur le parcours de visite du musée et dessin d'après estampage) [p. 1-24 ; p. 41], de Montpellier (mars 1863) [p. 25-30], d'Orange (mars 1863) [p. 30-31], de Vienne (mars 1863) [p. 31-40] et de Beauvais (mars 1864) [p. 42-43].

Index des inscriptions de Narbonne (carnets 5 et 6) [p. 1-4], d’Arles (carnets 17 et 18) [p. 5-9], de Besançon, Luxeuil et du lac d’Antre (carnet 2) [p. 10-11], de Toulouse (carnet 5) [p. 12-14 recto] ; index des inscriptions d’Alise, Autun, Beaune, Châlons-en-Champagne, Dijon, Mâcon et Nevers (carnets 1, 2 et 3) [p. 16-17] ; Iovis Poeninus [p. 29 verso] ; deux inscriptions tirées de la Chorographie d'Honoré Bouche [p. 30 recto] ; la copie d'une inscription de Nîmes à Jupiter et Nemausus [p. 30 verso] ; les noms de peuples se terminant en -tani [p. 31] ; les inscriptions du procurateur Axius Aelianus [p. 32] ; une liste des inscriptions des mères et matrones [p. 33-36] ; itinéraire romain d'Emporium au Rhône (route d'Hannibal) avec observations [p. 74 verso-76] ; des inscriptions inédites d'Afrique (14 mai 1869) [p. 77-79 recto] ; un début de liste des pagi gallo-romains [p. 79 verso] ; une étude des provinces de l'empire romain à l'époque de la Notitia Dignitatium [p. 80 verso-81] ; un index général des carnets [p. 82] ; comparaison des cités de l’Aquitaine entre Loire et Garonne d’après plusieurs auteurs antiques [p. 83 recto] ; provinces des deux empires Orient-Occident [p. 83 verso] ; une liste des inscriptions comprenant le nom de l'Aquitaine [p. 84 recto ; p. 88 recto] ; des extraits de Strabon sur l'Espagne, deux essais sur l'Espagne et la Gaule [p. 84 verso-87] ; une liste des peuples de l'Aquitaine [p. 88 verso-90] ; le contenu des carnets épigraphiques [p. 91] ; notes sur l’avancement des feuilles d'inscriptions [p. 92-94] ; une liste des inscriptions estampées et non copiées dans les carnets [p. 95 recto] ; notes [p. 95 verso].