Six mémoires manuscrits liés à Étienne Castagné sont conservés au musée d’Archéologie nationale et Domaine national de Saint-Germain-en-Laye, dont cinq reliés en deux tomes intitulés « Album Castagné – Murs gaulois – Commission de la Topographie des Gaules ».
Le premier tome contient trois rapports ou mémoires datés de 1868 signés d’Étienne Castagné et de Henri Dutasta. Ils portent sur la découverte et les premières fouilles faites à Murcens (Lot), dont l’orthographe varie parfois en Mursens ou Mursceint (2019005/1).
Le second tome contient deux rapports d’Étienne Castagné ; le premier rédigé en décembre 1868 porte sur la continuation des fouilles de Murcens, le second daté de 1872 concerne en revanche la découverte d’un nouvel oppidum sur la montagne de l’Impernal près de Luzech (Lot) (2019005/2).
Un mémoire manuscrit isolé, plus tardif, écrit par Étienne Castagné en 1877, porte sur le camp des Césarines à Saint-Céré (2019005/3).

"Fouilles d’Alise Ste Reine".
Dessinée par Chartier, du Dépôt de la Guerre.
Carte au 10 000e indiquant les fossés fouillés en 1861-1862 par les membres de la Commission de Topographie des Gaules (Félicien de Saulcy, Alexandre Bertrand, Casimir Creuly) sur ordre de Napoléon III et sous la direction de l'agent-voyer Paul Millot.
Centre des archives, Fonds topographique, Côte-d’Or, Alise-Sainte-Reine.

L’emplacement d’Alésia a requis toute l’attention de Napoléon III et a mobilisé de très nombreux savants. L’empereur souhaitait apporter les preuves scientifiques décisives sur le lieu emblématique de la grandeur de César qu’il situait à Alise-Sainte-Reine, et voulait clore la querelle qui opposait les partisans d’Alise (Côte-d’Or) à ceux d’Alaise (Jura).
Les membres les plus actifs de la Commission de Topographie des Gaules (CTG) -Félicien de Saulcy, Casimir Creuly et Alexandre Bertrand-, attachés dès la création de celle-ci en 1858 à localiser les sites des huit campagnes de César dans les Gaules, effectuèrent des repérages sur le site bourguignon en 1859 à partir des Commentaires. Ils engagent des fouilles en avril 1861, en confiant la direction des équipes à l’agent-voyer Paul Millot et au chef de chantier Victor Pernet, cultivateur à Alise. Il s’agissait de retrouver avant tout les ouvrages du siège de César. Durant onze mois, la CTG, est parvenue à situer une partie des fossés de contrevallation et de circonvallation. En septembre 1862, Napoléon III, désireux d’accélérer les fouilles, chargea Eugène Stoffel de reprendre le chantier.
Les fouilles d'Alise-Sainte-Reine occupent une place privilégiée dans le tome 2 de l'Histoire de Jules César, rédigé par Napoléon III, et publié en 1866.
Cette carte, emblématique des premières fouilles impériales, a longtemps été exposée dans la salle XIII, appelée Salle d'Alésia ou salle de la Conquête.

« Alluvions quaternaires. Haches en silex (spécimens choisis dans plusieurs collections) ». Planche gravée tirée du Dictionnaire archéologique de la Gaule-époque celtique, Commission de Topographie des Gaules, CTG, 1875
MAN, Centre des archives, fonds CTG.

« Alluvions quaternaires. Haches en silex (spécimens choisis dans plusieurs collections) ». Planche gravée tirée du Dictionnaire archéologique de la Gaule, époque celtique, Commission de Topographie des Gaules, CTG, 1875
MAN, centre des archives, fonds CTG

« Cavernes. Objets travaillés (cavernes du Périgord) », planche gravée tirée du Dictionnaire archéologique de la Gaule-époque celtique, Commission de Topographie des Gaules, CTG, 1875
MAN, centre des archives, fonds CTG

« Alluvions quaternaires. Haches en silex (types généraux) ». Planche gravée tirée du Dictionnaire archéologique de la Gaule-époque celtique, Commission de Topographie des Gaules, CTG, 1875
MAN, centre des archives, fonds CTG

Album blanc n°5, planche 274, cliché 880, boîte 78. Vue d'Alise-Sainte-Reine, le Mont-Auxois. Mention au crayon « Alise », 1859-1861 ? SRD
Tirage photographique réalisé à partir d'un négatif sur plaque de verre au collodion humide : cliché 880, boîte 78

Album blanc n°5, planche 275, cliché 878, boîte 78. Vue d'Alise-Sainte-Reine. Mention au crayon « Alise », 1859-1861 ? SRD
Tirage photographique réalisé à partir d'un négatif sur plaque de verre au collodion humide : cliché 878, boîte 78

Album blanc n°5, planche 276, cliché 881, boîte 78. Vue d'Alise-Sainte-Reine. Mention au crayon « Alise », 1859-1861 ? SRD
Tirage photographique réalisé à partir d'un négatif sur plaque de verre au collodion humide : cliché 881, boîte 78

Album blanc n°5, planche 277, cliché 885, boîte 78. Vue d'Alise-Sainte-Reine. Mention au crayon « Alise », 1859-1861 ? SRD
Tirage photographique réalisé à partir d'un négatif sur plaque de verre au collodion humide : cliché