Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

« Album I » : relevés d’inscriptions du musée de Douai, de cachets d’oculistes et d’empreintes de potier, au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), liste des noms et marques de potiers relevés sur les vases ou débris de vases du musée de Douai, dessins caricaturaux, dessins de sculptures de la galerie des grands hommes de Douai.
« Album II » : relevés d’inscriptions et marques de fabriques copiées dans les collections particulières ou extraites de manuscrits, au crayon ou à l’encre et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Carnet « III » : relevés d’inscriptions et de stèles funéraires des musées d’Évreux, de Rouen, de Melun, de Bourbon-Lancy, de Luxeuil, de Bourbonne-les-Bains, d’Amiens et de Champlieu (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), lettre de Mowat (24 août 1877), dessin au crayon et photographies de la ville d’Honfleur, carte manuscrite de l’embouchure de la Seine, dessins à l’encre et au crayon de monuments de Luxeuil, dessin au crayon de monuments de Pierrefonds, notes manuscrites prises à l’exposition universelle de 1878.

Album « IV » : relevés d’inscriptions épigraphiques et de marques de fabrique au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Album « V » : relevés d’inscriptions épigraphiques au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).

« Album VII » : relevés d’inscriptions à l’encre et au crayon et annotées du musée de Saint-Germain, du musée Carnavalet et sur des estampages de La Blanchère (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), un dessin au crayon de la ville de Dieppe-Le Pollet, des croquis de portulans français (XVIe siècle principalement).

Album Cournault n°2, planche 43, 397-399bis. Tombeaux à urne (et note explicative), trouvés à Dieulouard (site de Scarpone), musée Lorrain à Nancy ; 400. Fragment d'inscription romaine sur plaque de bronze, trouvé près de Langres, collection Defay à Langres. Dessin au crayon de papier avec note manuscrite et relevé sur calque, non daté, signé Ch. Cournault ou non signé. L. 0,485 x h. 0,31 m. Don de l'auteur à l'Empereur pour le musée de Saint-Germain.

Objet: MAN 18714* 
"MATRI DEVM" ; Entrée au musée en 1872

Objet : MAN32963*
Moulage d'une inscription de Grany (Vosges) ; Don Voulot
Entrée au musée le 26 Novembre 1892

Objet : MAN32963*
Moulage d'une inscription de Grany (Vosges) ; Don Voulot
Entrée au musée le 26 Novembre 1892

Objet : MAN25194*
Moulage : inscription sur la face d'un petit autel ; don du commandant Mowat
Entrée au musée le 8 Août 1879

Objet : MAN4781*
Moulage d'une inscription votive; original de Périgueux
Entrée au musée Juin 1866