Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,… Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à :
Travaux de recherche
L’enseignement La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages : Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin. Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer. Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg. Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études. La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...
Album « IV » : relevés d’inscriptions épigraphiques et de marques de fabrique au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques). Album « V » : relevés d’inscriptions épigraphiques au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Copies d'inscriptions et dessins d’objets d'Angers (28 avril 1864) [p. 1-2], de Saumur (29 avril 1864) [p. 2-3], de Poitiers (30 avril-2 mai 1864, dont copie de M. de Longuemar) [p. 4-17], du musée de Niort (3 mai 1864) [p. 18-19], de Périgueux (4 mai 1864) [p. 20-35 recto], Limoges (5 mai [1864 ?]) [p. 35 verso-36], de la Pierre de Jabreilles (6 mai [1864?]) [p. 36-38], La Souterraine, Bridiers, Guéret et environs (sans date) [p. 39-43]. Deux copies de tirages en plâtre du musée de Saint-Germain [p. 44].
Copies d'inscriptions de Caen (2 mai et 2 juin 1865) [p. 1-2], Pau (juin 1865) [p. 3], Bagnères-de-Bigorre (23 juin 1865) [p. 4-5], Dax (3 juillet 1865) [p. 6-7], Agen (4 juillet 1865) [p. 8-9], Melun (13 juillet 1865) [p. 10-12], inscriptions et estampages envoyés par le docteur Long de Die et Luc (sans date) [p. 13-21], Langres (3 août 1865) [p. 22-47].
Copies d'inscriptions de Nîmes (septembre 1865, 13 novembre 1866) [p. 1-21], du musée de Saint-Germain [p. 22-23], transcriptions de copies de Chalon-sur-Saône et Mâcon par Marcel Canat [p. 24-31], copie d'inscription d'un archidendrophore (d’après un d'estampage transmis par Saulcy) [p. 32], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (8 juin 1867) [p. 33-35], copies des inscriptions nouvelles de Nîmes publiées par l'académie du Gard dans ses Mémoires de septembre 1864 à août 1865 [p. 36-40], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (23 avril [?]) [p. 41], dessin d’une portion du mur gaulois de Vertault (13 mai 1870) [p. 42].