Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Fibule en forme de cheval, bronze, émail ?, époque gallo-romaine, 2e-3e siècle. Collection Jean-Baptiste Muret. Conforme à un dessin de Jean-Baptiste Muret

Applique de harnais, plaque hexagonale, vulve, deux tenons à l’arrière, bronze, Empire romain, 2e-3e siècle. Collection Jean-Baptiste Muret.
Conforme à un dessin de Jean-Baptiste Muret

Patère de bain en bronze, découverte dans la Seine à Paris, Ier-2e s. ap. J.-C. L. : 22,4 cm ; D. : 13,1 cm.
Verso, avec mire.

Strigile en bronze, prov. du département de l’Eure, Ier-2e s. ap. J.-C. L. : 23,5 cm. ; l. : 2,5 cm.
Vue de 3/4.

Pyxide ou encrier, bronze, verre millefiori, provenant du Pas-de-Calais, IIe-IIIe s. ; H. avec les pieds 5,8 ; sans les pieds 5,1 ; l. 5,1 L. 5,1 cm.
Vue d'ensemble sans mire.

Pyxide ou encrier, bronze, verre millefiori, provenant du Pas-de-Calais, IIe-IIIe s. ; H. avec les pieds 5,8 ; sans les pieds 5,1 ; l. 5,1 L. 5,1 cm.
Détail du cinquième panneau sans verre millefiori (de la gauche vers la droite) sans mire.

Pyxide ou encrier, bronze, verre millefiori, provenant du Pas-de-Calais, IIe-IIIe s. ; H. avec les pieds 5,8 ; sans les pieds 5,1 ; l. 5,1 L. 5,1 cm.
Détail du sixième panneau sans verre millefiori (de la gauche vers la droite) sans mire.

Figurine de singe vêtu d'un manteau à capuchon, terre cuite. H. : 10,9 cm; larg. : 3,2 cm.; prof. : 5,7 cm.; D. de la base : 4,1 cm. Provient de Saint-Pourçain-sur-Besbre (Allier), Fin Ier-IIe s. ap. J.-C.
Profil droit, sans échelle

Figurine de singe vêtu d'un manteau à capuchon, terre cuite. H. : 10,9 cm; larg. : 3,2 cm.; prof. : 5,7 cm.; D. de la base : 4,1 cm. Provient de Saint-Pourçain-sur-Besbre (Allier), Fin Ier-IIe s. ap. J.-C.
Face avec échelle