Le fonds Henri Hubert mêle intrinsèquement des archives publiques et des archives privées. Il est constitué essentiellement de dossiers de travail rassemblant des documents divers : carnets, notes manuscrites, tapuscrits, rapports, listes, lettres, cartes postales, croquis, dessins, cartes, tirages photographiques, revues, brochures, coupures de presse, extraits de notice, extraits de publications, tirés à part, factures, etc.
Ces dossiers sont classés dans huit grandes parties ayant trait à :

• la formation d'Henri Hubert au lycée Louis-le-Grand, à l’École normale supérieure et à l’École pratique des hautes études ;
• ses activités d'enseignant à l’École pratique des hautes études et à l’École du Louvre ;
• ses nombreux travaux de recherche en vue de publications ;
• ses activités d'attaché libre puis de conservateur adjoint au musée des Antiquités nationales (étude des collections et muséographie, acquisitions, gestion administrative, correspondance) ;
• ses voyages et missions sur le territoire français et à l'étranger ;
• sa participation à la sous-commission des monuments préhistoriques ;
• ses activités durant la Première Guerre mondiale et les mois qui suivirent l'armistice ;
• le rassemblement de ses ressources documentaires ;
  Une partie concerne ensuite sa vie privée, et le dernier article renferme de la correspondance postérieure à 1927.

Ce fonds est constitué des archives produites par les restaurateurs du laboratoire. Pour des raisons de traçabilité et de documentation, les restaurateurs laissent de plus en plus d’archives témoignant de leur activité. C’est ainsi que les premières années de 1960 à 1990 sont peu présentes par rapport aux années suivantes. Les années les plus représentées ici sont celles durant lesquelles Clotilde Proust exerce la fonction de responsable de l’atelier. Même si les traces de leurs activités diffèrent quant à la forme, on remarque bien une continuité entre les différents acteurs. On retrouve dès 1960 des rapports de restauration, mentionnant la plupart du temps le numéro d’inventaire des objets restaurés. En effet tout tourne de près ou de loin autour de ces rapports; l’achat de matériel, les bilans sanitaires, la documentation sur les techniques et sur les matériaux visent à permettre la conservation d’investigation, la restauration pour étude et pour exposition.
Ces archives révèlent l’activité du laboratoire de restauration depuis les années 1960 à 2019. On y trouve celles liées au fonctionnement du laboratoire, comme les rapports d’activité, les dossiers de suivi médical, les dossiers du Comité Hygiène et Sécurité, les notes de service informant la présence d’agents extérieurs, les dossiers pour l’achat et la maintenance du matériel classique de laboratoire ou spécifique comme la cabine de radiographie, les documents préparatoires aux conférences budgétaires et enfin les dossiers ayant trait aux restaurations externalisées.
Puis sont conservées les archives liées aux missions propres du laboratoire, c’est-à-dire la conservation, la restauration et le moulage ; il s’agit de dossiers d’études, de photos de salles et d’objets, de rapports de restauration, des bilans sanitaires et de la documentation.
À cela s’ajoute les traces d’activités de valorisation et de collaboration avec des organismes extérieurs; il s’agit de conventions, de dossiers de fouilles, de publications.
Doté d’une expertise dans son domaine, le chef du laboratoire est également amené à faire part de son savoir auprès d’institutions universitaires ou de groupes de professionnels. On trouve donc ses supports de cours, les diagnostics faits au nom de son expertise, les dossiers d’étude constitués au sein des groupes de travail régionaux ou ministériels auxquels il appartenait.

Cette collection d’arts graphiques est constituée de pièces réalisées entre le XVIIe siècle et le premier quart du XXe siècle. Il s’agit pour l’essentiel d’estampes (petits formats et hors-format), mais nous pouvons également y retrouver quelques dessins, aquarelles et gouaches.
Les estampes présentées ci-dessous – toutes de petit format – sont au nombre de vingt-neuf. Parmi ces vingt-neuf pièces, vingt-huit remontent au XVIIe siècle, et une seule est de datation indéterminée quoique visiblement tirée d’un ouvrage de la même époque ; elles représentent pour la plupart des vues extérieures des deux châteaux de Saint-Germain-en-Laye et du domaine leur étant associé.
D’abord résidence royale, le domaine de Saint-Germain-en-Laye devient national à la fin du XVIIIe siècle, et est classé monument historique en 1863. Le domaine voit sa gestion fusionner avec celle du musée en 2009 afin de former un unique service à compétence nationale.
Le site de Saint-Germain-en-Laye devient résidence royale au XIIe siècle, lorsque le roi Louis VI décide d'y faire élever un château non fortifié en bois vers 1124. Ce premier château – plus tard surnommé « Château-Vieux » en opposition au « Château-Neuf » des XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles – est fortifié par Philippe-Auguste, qui y fait bâtir une tour-logis en pierre et entoure l’édifice d’un mur de défense. Au XIIIe siècle, le château est agrandi par Louis IX, qui fait notamment bâtir la chapelle castrale dans un style gothique rayonnant. Après avoir subi d’importants dommages pendant la Guerre de Cent ans, le château de Saint-Germain-en-Laye est reconstruit en partie grâce à l’action de Charles V et de son architecte Raymond du Temple.
Sous François Ier, le château devient une résidence royale de premier plan, et sa transformation en style Renaissance est confiée à Pierre Chambiges. Né au Château-Vieux de Saint-Germain-en-Laye en 1519, Henri II entreprend la construction du Château-Neuf en 1559, chantier qu’il attribue à l’architecte Philibert Delorme ; les travaux s’achèvent sous Henri IV, vers 1600.
De 1661 à 1682, Louis XIV réside souvent à Saint-Germain-en-Laye, où il fait réaliser d’importants aménagements, notamment la création des jardins à la française par André Le Nôtre, ainsi que la construction de la Grande Terrasse entre 1663 et 1680. À partir de 1680 commencent les travaux de modification du Château-Vieux, auquel sont ajoutés cinq pavillons d’angles ; ces travaux d'agrandissement du château sont confiés à Jules Hardouin-Mansart. Bien que la cour quitte définitivement Saint-Germain-en-Laye pour Versailles en 1682, le domaine n’est pas complètement laissé à l’abandon, et le Château-Vieux accueille notamment Jacques II, alors en exil, de 1689 jusqu’à sa mort en 1701.
En 1777, Louis XVI fait don du Château-Neuf ruiné à son frère le comte d’Artois, qui le fait démolir dans l’intention d’élever une nouvelle résidence. À la Révolution, le Château-Neuf et une grande partie des dépendances du domaine sont vendus comme biens nationaux.
Sous le Premier Empire, le Château-Vieux accueille l’École spéciale militaire de cavalerie, qui devient en 1914 l’École spéciale militaire de Saint-Cyr. En 1836, l’édifice est transformé en pénitencier militaire, au sein duquel près de cinq cents officiers sont incarcérés. Dès son accession au pouvoir en 1852, Napoléon III se préoccupe du sort du château, et s’oppose ainsi à son usage comme centre pénitentiaire. En décembre 1853, il déclare notamment que « l’existence d’une prison militaire dans l’antique château de Louis XIV est une sorte de profanation […] Le pénitencier sera éloigné de Saint-Germain, et ce château, qui rappelle de grands et nobles souvenirs, sera réparé […] J’ai donné des ordres à cet effet ». Le Château-Vieux est ainsi classé Monument historique dès 1862 (l’ensemble du domaine est classé en 1863), et des travaux de restauration sont rapidement entrepris. Trois architectes se succèdent sur ce chantier colossal : Eugène Millet, Auguste Lafollye et Honoré Daumet.
Le chantier est d’abord confié à l’architecte Eugène Millet, élève d’Eugène Viollet-le-Duc, qui prend le parti de restaurer le château dans son état Renaissance et s’appuie ainsi sur les plans publiés par Jacques Androuet du Cerceau en 1576. Aux plans et aux élévations d’Androuet du Cerceau s’ajoutent des gravures d’Israël Silvestre (milieu du XVIIe siècle), qui permettent d’appréhender le château dans son ensemble dans l’état qui était le sien jusqu’à la fin du XVIIe siècle avec l’accord de la commission des Bâtiments civils. Afin de privilégier l’état XVIe siècle, les pavillons élevés sous Louis XIV sont démontés. En parallèle de la restauration du bâtiment, Millet entreprend l’aménagement des salles du musée, dont il commence à concevoir le mobilier afin de mettre en œuvre une « véritable muséographie destinée à l’archéologie ». Ce travail d’aménagement est ensuite poursuivi par Auguste Laffolye.
Les travaux de réfection de la chapelle sont entrepris à partir de 1873 ; Eugène Millet est chargé d’y ajouter une flèche, dont les travaux commencent avant 1889, et ne sont toujours pas achevés en 1895. Cette flèche est finalement démontée en 1907.
La restauration complète du château ne s’achève qu’en 1908, avec la décoration de l’entrée principale sur la façade ouest et l’aménagement final de plusieurs salles du musée.
La collection des arts graphiques du service des Ressources documentaires du musée d'Archéologie nationale permet de constater les différentes évolutions connues par le domaine et les châteaux de Saint-Germain-en-Laye depuis les XVIe – XVIIe siècles jusqu'au début du XXe siècle.
Au sein de cette collection figurent notamment vingt-neuf estampes du XVIIe siècle ; douze d'entre elles représentent le Château-Vieux, neuf concernent le Château-Neuf, tandis que quatre correspondent à des vues du domaine, et quatre autres à des édifices français extérieurs à Saint-Germain-en-Laye. Ces documents, dont certains sont légendés, voire datés, permettent de retracer l’histoire des deux châteaux de Saint-Germain-en-Laye au cours du XVIIe siècle avec une relative précision. En effet, avec la destruction des pavillons de Louis XIV lors de la restauration du Château-Vieux au XIXe siècle et l’abandon du Château-Neuf dès le XVIIe siècle, les estampes étudiées ici représentent un témoignage exceptionnel de l’état des deux châteaux à cette époque, avant l’effondrement progressif du Château-Neuf et la restauration en style Renaissance du Château-Vieux.
Cette collection d’estampes a été divisée selon quatre ensembles thématiques. Le premier ensemble correspond au Château-Vieux de Saint-Germain-en-Laye, le deuxième au Château-Neuf, le troisième au domaine, et le quatrième et dernier aux vues Hors Saint-Germain-en-Laye. Il s’agit uniquement de vues extérieures, ce qui permet d’appréhender les édifices dans leur contexte.
Si toutes les œuvres ne sont pas signées, trois noms de graveurs reviennent particulièrement : ceux d’Israël Silvestre (1621 – 1691), Adam Pérelle (1638 – 1695) et Pierre Aveline (1656 – 1722). Aux signatures des graveurs sont généralement associées celles des éditeurs, ayant été identifiés comme Israël Henriet (1590 ? – 1661), Nicolas de Poilly (1626 – 1696), Nicolas Langlois (1640 – 1703) et Melchior Tavernier (1594 – 1665). L’identité des graveurs a permis de systématiquement attribuer à chaque estampe une technique de réalisation ; en effet, il semble que tous trois aient travaillé en taille-douce, plus spécifiquement à l’eau-forte.
Ces vingt-neuf estampes semblent en grande partie issues de trois achats de lots, effectués respectivement en 1876, 1888 et 1889 (dates d’entrée dans le registre de la bibliothèque). Chaque lot porte un numéro d’inventaire (4319 pour celui de 1876, 7303 pour celui de 1888 et 7807 pour celui de 1889), numéros se retrouvant à de multiples reprises sur les estampes traitées.
La description se fait ici à la pièce sous forme d'un inventaire.
Plusieurs de ces estampes portent le tampon de la bibliothèque (sur lequel figure parfois leur numéro d’entrée au registre manuscrit), ainsi que le tampon sec du Musée des Antiquités nationales.

Les typologies documentaires sont d'une grande richesse : rapports, notes administratives, pièces comptables et textes réglementaires documentent la création et le mode de fonctionnement de la CTG. Dessins, relevés de fouilles, albums, photographies, mémoires, monographies, correspondance, cartes et plans illustrent les chantiers scientifiques, leur organisation et leurs produits.
Les correspondants de la CTG adressent dès 1858 des documents témoignant des vestiges archéologiques de leur territoire. Beaucoup des documents sont antérieurs à la création de la Commission.

Comme l’indique Paul Guégan dans son introduction, c’est à Alexandre Bertrand qu’il doit l’idée d’entreprendre sa Monographie des Monuments mégalithiques et des objets travaillés par l’homme aux temps préhistoriques dans le Département de Seine-et-Oise (voir 2019004/1). Contrairement à ce que le titre permet de penser, il ne s’agit pas d’une monographie au sens strict du terme, c’est-à-dire sous la forme d’un volume unique. C’est en réalité des ensembles de fascicules liés à des communes et classés par arrondissements du département de Seine-et-Oise (Versailles, Étampes, Corbeil, Mantes, Pontoise) ou liés à des études thématiques transversales pour le département de la Seine et de ses environs. Il prend pour point de départ un inventaire topographique des vestiges archéologiques, toutes périodes confondues, publié (mais non identifié) qu’il enrichit par des descriptions, des visites, des informations complémentaires ou des dessins des sites et des objets découverts. Il s’agit de documents originaux qui présentent un intérêt indéniable pour l’histoire de l’archéologie de l’Ile-de-France. Si les périodes préhistoriques occupent une part importante du travail fourni, Paul Guégan n’occulte pas pour autant les périodes plus récentes, jusqu’au haut Moyen-Âge qui appelle « époque franque-mérovingienne ». Pour ce travail, Paul Guégan s’inspire des travaux qui ont pu être menés dans d’autres départements par Eugène Belgrand (Seine), Eugène Grave (Oise), Edouard Fleury (Aisne) ou encore l’abbé Cochet (Seine inférieure). Il s’appuie pour ce faire sur un réseau de contacts locaux ou puise dans les milieux savants auxquels il appartient. Il travaille également d’après les publications anciennes, qu’il n’a cependant de cesse de vouloir enrichir et documenter.
Paul Guégan passe près de 20 ans à réaliser ce vaste travail de compilation et de recherches. Les premiers dessins datés sont de 1872. Et malgré la date de 1889 inscrite sur les coffrets, Paul Guégan continue à enrichir les fascicules, au moins jusqu’en 1891, date des dernières découvertes mentionnées.
Le traitement du fonds a permis de constater quelques lacunes : il manque plusieurs fascicules et au moins plusieurs dessins. Les lacunes identifiées sont indiquées au début de chaque sous-série.

Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...