Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Album « IV » : relevés d’inscriptions épigraphiques et de marques de fabrique au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Album « V » : relevés d’inscriptions épigraphiques au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).

Copies d'inscriptions du musée algérien du Louvre [p. 1-7], de Toulouse (1857) [p. 8], du Puy (1857) [p. 8 verso-9], de Nizy-le-Comte (2 juillet 1859) [p. 10 recto], de Cherbourg (juillet 1859) [p. 10 verso-11], notes sur les voies romaines de Carentan (6 août 1859) [p. 12 recto], copies d’inscriptions du musée de Bayeux (août 1859) [p. 12 verso-14], notes et dessin de reliefs du musée de Caen (août 1859) [p. 15-16 recto], copies d’inscriptions d'Alise-Sainte-Reine (septembre 1859) [p. 16 verso ; p. 17 verso], du musée de Dijon (septembre 1859) [p. 17 recto ; p. 18-28 recto ; p. 34 recto ; p. 39-45], de Beaune (septembre 1859) [p. 28 verso-29 recto], d'Autun (septembre 1859) [p. 29 verso-38], d'Auxerre (21 septembre 1863) [p. 46-48 recto], de Triguères (septembre 1863) [p. 48 recto]et d'Autun [p. 48 verso], notes diverses [p. 52 verso-55].

Copies d'inscriptions et d’objets du musée de Besançon (octobre 1859) [p. 1-10 ; p. 40 verso ; p. 42-43], de Sens (1861) [p. 4 verso-8 verso ; p. 41 recto ; p. 48 verso-56], Auxerre (octobre 1859) [p. 11-14], Bordeaux (10 novembre 1859) [p. 15-18], Cahors (11 novembre 1859) [p. 19-20], Limoges (novembre 1859) [p. 21-26], Namur (mars 1861) [p. 26 verso], du musée de Bruxelles (mars 1861) [p. 27 verso-33], de Tongres (sans date) [p. 27-28 ; 29 verso-30], Gand (mars 1861) [p. 33 verso-34], d’Alise (mai-juin 1861, des armes et des objets divers) [p. 35 verso-43 verso], Dijon (mai-juin 1861) [p. 44-46] et Beaune (mai-juin 1861) [p. 46 verso-48 verso].

Copies d'inscriptions et dessins d’objets d'Angers (28 avril 1864) [p. 1-2], de Saumur (29 avril 1864) [p. 2-3], de Poitiers (30 avril-2 mai 1864, dont copie de M. de Longuemar) [p. 4-17], du musée de Niort (3 mai 1864) [p. 18-19], de Périgueux (4 mai 1864) [p. 20-35 recto], Limoges (5 mai [1864 ?]) [p. 35 verso-36], de la Pierre de Jabreilles (6 mai [1864?]) [p. 36-38], La Souterraine, Bridiers, Guéret et environs (sans date) [p. 39-43]. Deux copies de tirages en plâtre du musée de Saint-Germain [p. 44].

Copies d'inscriptions de Mayence (6 août 1864 dont 3 inscriptions de Wiesbaden) [p. 1-25], Bâle (8 août 1864) [p. 26-29 recto], Lausanne (11 août 1864) [p. 29 verso-32 recto], Saint Maurice (11 août 1864) [p. 32 recto-33], Martigny (11 août 1864) [p. 34], Vevey (11 août 1864) [p. 35 recto], Genève (13 août 1864) [p. 35 recto-41 verso], Avenches (16 août 1864) [p. 41 verso-44 ; p. 46 verso-47], Villars, Morat (16 août 1864) [p. 44 verso-45 verso], Amsoldingen (18 août 1864) [p. 45 verso-46], Soleure (22 août 1864) [p. 47 verso-49 verso] ; notes [p. 48 bis ; p. 51].

Copies d'inscriptions de Caen (2 mai et 2 juin 1865) [p. 1-2], Pau (juin 1865) [p. 3], Bagnères-de-Bigorre (23 juin 1865) [p. 4-5], Dax (3 juillet 1865) [p. 6-7], Agen (4 juillet 1865) [p. 8-9], Melun (13 juillet 1865) [p. 10-12], inscriptions et estampages envoyés par le docteur Long de Die et Luc (sans date) [p. 13-21], Langres (3 août 1865) [p. 22-47].

Copies d'inscriptions de Nîmes (septembre 1865, 13 novembre 1866) [p. 1-21], du musée de Saint-Germain [p. 22-23], transcriptions de copies de Chalon-sur-Saône et Mâcon par Marcel Canat [p. 24-31], copie d'inscription d'un archidendrophore (d’après un d'estampage transmis par Saulcy) [p. 32], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (8 juin 1867) [p. 33-35], copies des inscriptions nouvelles de Nîmes publiées par l'académie du Gard dans ses Mémoires de septembre 1864 à août 1865 [p. 36-40], copies d’inscriptions du musée de Saint-Germain (23 avril [?]) [p. 41], dessin d’une portion du mur gaulois de Vertault (13 mai 1870) [p. 42].

Copies de 138 inscriptions de Bordeaux (9 novembre 1866) [p. 1-3], Narbonne (11 novembre 1866) [p. 4], Béziers (11 novembre 1866) [p. 5-14 recto], Nîmes (13 novembre 1866) [p. 14 recto-17], Arles (14 novembre 1866) [p. 18-40].

Copies d'inscriptions d'Épinal (17 juin 1869) [p. 1-6 recto], de Saverne (18 juin 1869) [p. 6 recto-9], de Strasbourg (19 juin 1869, notamment de la bibliothèque détruite en 1870) [p. 10-21], de Brumath (20 juin 1869) [p. 22-25], de Bagnères-de-Luchon (14 juin 1874) [p. 26], de Tibiran [p. 27-28], de Saint-Bertrand-de-Comminges [p. 29-31 recto], de Valcabrère [p. 31], de Châteauroux (23 juin 1874) [p. 32].

Copies d'inscriptions de Lyon (juin 1871 puis 17 octobre 1872) [p. 1-30].

Album Cournault n°2, planche 43, 397-399bis. Tombeaux à urne (et note explicative), trouvés à Dieulouard (site de Scarpone), musée Lorrain à Nancy ; 400. Fragment d'inscription romaine sur plaque de bronze, trouvé près de Langres, collection Defay à Langres. Dessin au crayon de papier avec note manuscrite et relevé sur calque, non daté, signé Ch. Cournault ou non signé. L. 0,485 x h. 0,31 m. Don de l'auteur à l'Empereur pour le musée de Saint-Germain.

Objet : MAN4781*
Moulage d'une inscription votive; original de Périgueux
Entrée au musée Juin 1866

Objets : MAN23925 ; MAN23924
Moulages en plâtre à inscription musée de Nancy
Entrée au musée en 1877

Objet : MAN1219
Autel votif portant inscription; Nouvoy ? (Meurthe)

Objet : SN
Stèle à niche avec personnage assis et inscription

Copies d'inscriptions et d’objets du musée d'Amiens (septembre 1861) [p. 1-4], de Rouen (septembre 1861) [p. 5-10], de Lillebonne (sans date) [p. 11], du musée d'Évreux (septembre 1861) [p. 12-13], de Caen et Lisieux (septembre 1861) [p. 14-16], de Coutances (septembre 1861) [p. 17], d'Avranches (septembre 1861) [p. 18], de Corseul (septembre 1861) [p. 19], Dinan (septembre 1861) [p. 20 recto], Sens (sans date) [p. 20 verso ; p. 26], musée de Saint-Brieuc (septembre 1861) [p. 21-22], musée des Beaux-arts et musée archéologique de Dijon (sans date) [p. 23-25], Sens (sans date) [p. 26], Évreux (sans date) (p. 27-28], Neuvy-sur-Barangeon (février 1862) [p. 29-30], musée de Bourges (février 1862) [p. 31-32] et musée de Nevers (sans date) [p. 32-33].

Copies d'inscriptions d'Autun (13 septembre 1865, dont inscription de Bourbon-Lancy) [p. 1-5], Beaune (14 septembre 1865) [p. 5], Avignon, Nîmes, Carpentras, Vaison-la-Romaine, Bastide d'Engras, Rousset (Drôme), Orange, Marseille, Aix-en-Provence, Roussillon, Tresques, Marseille, Valréas et alentours (15 au 17 septembre 1865) [p. 6-40].

Copies de 112 inscriptions de Bordeaux (5-9 novembre 1866) [p. 1-41].

Copies d'inscriptions d'Arles (18 novembre 1866) [p. 1-12], Avignon (21 et 24 novembre 1866) [p. 13-15 ; p. 24], Carpentras (22 novembre 1866) [p. 16-17 ; p. 18-23], Malaucène (23 novembre 1866) [p. 18], Vienne (26 novembre 1866) [p. 25-31], Dijon (27 novembre 1866) [p. 32] et quelques inscriptions du musée de Saverne d'après les estampages envoyés par le colonel de Morlet en 1865 [p. 33], inscription indéterminée [p. 39].

Copies d'inscriptions de Metz (8 juin 1869) [p. 1-19], Luxembourg (12 juin 1869) [p. 20], Trèves (13 juin 1869) [p. 21-34], Nancy (16 juin 1869) [p. 35-37] avec mentions d'estampages.

Copies d'inscriptions de Lyon (15 juin 1870), avec mention d'estampages [p. 1-39].

Copies d'inscriptions de Lyon (15 juin 1870), avec mention d'estampages [p. 1-40].

Copies d'inscriptions d'Aoste (juin 1870) [p. 1-5], Feurs (22 juin 1870) [p. 6-10] et Lyon (17 octobre 1872) [p. 11-12] ainsi que des notes prises auprès de M. Leblanc, bibliothécaire et conservateur du musée de Vienne (17 octobre 1872) [p. 13-14 recto], copies d’inscriptions de Valence (18 octobre 1872) [p. 14 verso-15], Tain (21 octobre 1872) [p. 16], Tournon (21 octobre 1872) [p. 17] et Valence [p. 18-22].

« Album I » : relevés d’inscriptions du musée de Douai, de cachets d’oculistes et d’empreintes de potier, au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), liste des noms et marques de potiers relevés sur les vases ou débris de vases du musée de Douai, dessins caricaturaux, dessins de sculptures de la galerie des grands hommes de Douai.
« Album II » : relevés d’inscriptions et marques de fabriques copiées dans les collections particulières ou extraites de manuscrits, au crayon ou à l’encre et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Carnet « III » : relevés d’inscriptions et de stèles funéraires des musées d’Évreux, de Rouen, de Melun, de Bourbon-Lancy, de Luxeuil, de Bourbonne-les-Bains, d’Amiens et de Champlieu (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), lettre de Mowat (24 août 1877), dessin au crayon et photographies de la ville d’Honfleur, carte manuscrite de l’embouchure de la Seine, dessins à l’encre et au crayon de monuments de Luxeuil, dessin au crayon de monuments de Pierrefonds, notes manuscrites prises à l’exposition universelle de 1878.

« Album VII » : relevés d’inscriptions à l’encre et au crayon et annotées du musée de Saint-Germain, du musée Carnavalet et sur des estampages de La Blanchère (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), un dessin au crayon de la ville de Dieppe-Le Pollet, des croquis de portulans français (XVIe siècle principalement).

Le fonds Casimir Creuly comprend actuellement 23 carnets de notes de voyages datés de 1857 à 1872, avec quelques ajouts de 1874 dans l’un des carnets. Ils contiennent des relevés d'inscriptions au crayon à papier et/ou à la plume, avec indication schématique du contour et de l’iconographie du bloc inscrit. Les copies sont généralement annotées (lieu de conservation, date de copie, éventuellement lieu et date de découverte, dimensions et notes diverses). Certains carnets sont agrémentés de dessins d’objets archéologiques ou de monuments mégalithiques, de manière anecdotique cependant.
Concernant près de 15 ans d’activité épigraphique de leur auteur, ces carnets témoignent des voyages entrepris par Casimir Creuly sur tout le territoire français et également à l’étranger (Allemagne, Suisse). Si certaines inscriptions sont des copies de relevés ou d’estampages de Félicien de Saulcy ou d’autres savants, Casimir Creuly fait de nombreux relevés d’inscriptions devant les monuments eux-mêmes, dans les musées, des édifices publiques, mais aussi chez des particuliers. Les inscriptions collectées montrent son intérêt pour les inscriptions provenant de toutes les provinces romaines de Gaule (Gaule Narbonnaise, Gaule Lyonnaise, Gaule Aquitaine, Gaule Belgique) et rappellent à quelques occasions ses travaux antérieurs sur l’Afrique du nord.
Dans ses carnets, Casimir Creuly fait de nombreuses fois référence à des estampages.
À cet ensemble s’ajoutent quelques feuillets de notes manuscrites, en particulier un mémoire sur le Portus Itius.

Notes sur Cherbourg [p. 1-6], sur les découvertes archéologiques, numismatiques et épigraphiques du département de la Manche [p. 6-33 recto], copies de 3 inscriptions de Valogne [p. 33 verso-34] et notes sur les camps romains de la Manche [p. 35-38].

Notes sur Évry (10 juillet 1864), copies d'inscriptions d'Anvers (26 juillet 1864) [p. 2], Leyde (27-28 juillet 1864) [p. 3-22], Nimègue (31 juillet 1864) [p. 23-38], Cologne (1er août 1864) [p. 39-47].

Objet: MAN 18714* 
"MATRI DEVM" ; Entrée au musée en 1872

Objet : MAN32963*
Moulage d'une inscription de Grany (Vosges) ; Don Voulot
Entrée au musée le 26 Novembre 1892

Objet : MAN25194*
Moulage : inscription sur la face d'un petit autel ; don du commandant Mowat
Entrée au musée le 8 Août 1879

Objet : MAN61364
Inscription funéraire des environs de Curnier (Drôme)
Entrée au musée en 1914

Objet : MAN50479
Petite stèle à inscription et gravure d'un personnage faisant partie de la collection léguée par Monsieur de Lorcy de Dijon
Entrée au musée le 23 Avril 1906

Copies d'inscriptions de la collection Campana [p. 1-6], notes sur Strabon [p. 7-9 recto], notes sur le musée assyrien du Louvre [p. 9 verso-10], copies d'inscriptions provenant de Sens (avril 1862) [p. 11], du musée de Nantes (avril 1862) [p. 12-13], du musée de Vannes (avril 1862, dont dessins de monuments mégalithiques et d'objets divers de Locmariaquer et Plouharnel) [p. 14-16], Carhaix (avril 1862) [p. 17], de l’église de Lannion (sans date) [p. 18 recto], du musée de Rennes (avril 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 18 verso-20], du musée de Clermont-Ferrand (juin 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 22-28], de Hyères (juin 1862) [p. 28 recto ; p. 30], copies de Saulcy provenant de Béziers (sans date) [p. 28 verso-29], Saint-Rémy (juin 1862, dont dessins des monuments de Glanum - tombeau des Jules et arc) [p. 31-37], Mâcon [p. 38-40] et Châlons-en-Champagne (juin 1862) [p. 41-42], Melun (14 avril 1864) [p. 43], notes diverses [p. 46 recto], observations sur la carte césarienne [p. 46 verso].

Copies d'inscriptions de Narbonne (10 mars 1863, dont notes sur le parcours de visite du musée et dessin d'après estampage) [p. 1-24 ; p. 41], de Montpellier (mars 1863) [p. 25-30], d'Orange (mars 1863) [p. 30-31], de Vienne (mars 1863) [p. 31-40] et de Beauvais (mars 1864) [p. 42-43].

Index des inscriptions de Narbonne (carnets 5 et 6) [p. 1-4], d’Arles (carnets 17 et 18) [p. 5-9], de Besançon, Luxeuil et du lac d’Antre (carnet 2) [p. 10-11], de Toulouse (carnet 5) [p. 12-14 recto] ; index des inscriptions d’Alise, Autun, Beaune, Châlons-en-Champagne, Dijon, Mâcon et Nevers (carnets 1, 2 et 3) [p. 16-17] ; Iovis Poeninus [p. 29 verso] ; deux inscriptions tirées de la Chorographie d'Honoré Bouche [p. 30 recto] ; la copie d'une inscription de Nîmes à Jupiter et Nemausus [p. 30 verso] ; les noms de peuples se terminant en -tani [p. 31] ; les inscriptions du procurateur Axius Aelianus [p. 32] ; une liste des inscriptions des mères et matrones [p. 33-36] ; itinéraire romain d'Emporium au Rhône (route d'Hannibal) avec observations [p. 74 verso-76] ; des inscriptions inédites d'Afrique (14 mai 1869) [p. 77-79 recto] ; un début de liste des pagi gallo-romains [p. 79 verso] ; une étude des provinces de l'empire romain à l'époque de la Notitia Dignitatium [p. 80 verso-81] ; un index général des carnets [p. 82] ; comparaison des cités de l’Aquitaine entre Loire et Garonne d’après plusieurs auteurs antiques [p. 83 recto] ; provinces des deux empires Orient-Occident [p. 83 verso] ; une liste des inscriptions comprenant le nom de l'Aquitaine [p. 84 recto ; p. 88 recto] ; des extraits de Strabon sur l'Espagne, deux essais sur l'Espagne et la Gaule [p. 84 verso-87] ; une liste des peuples de l'Aquitaine [p. 88 verso-90] ; le contenu des carnets épigraphiques [p. 91] ; notes sur l’avancement des feuilles d'inscriptions [p. 92-94] ; une liste des inscriptions estampées et non copiées dans les carnets [p. 95 recto] ; notes [p. 95 verso].

Objet : MAN32963*
Moulage d'une inscription de Grany (Vosges) ; Don Voulot
Entrée au musée le 26 Novembre 1892

Objet : MAN25431
Moulage d'une inscription exécutée par M. Fauconnet sculpteur d' Autun
Entrée au musée le 3 Février 1880
Objet : MAN21781
Moulage d'un autel à inscription des Pyrénées dont original est au musée de Toulouse
Entrée au musée en 1874