Copies d'inscriptions et d’objets du musée d'Amiens (septembre 1861) [p. 1-4], de Rouen (septembre 1861) [p. 5-10], de Lillebonne (sans date) [p. 11], du musée d'Évreux (septembre 1861) [p. 12-13], de Caen et Lisieux (septembre 1861) [p. 14-16], de Coutances (septembre 1861) [p. 17], d'Avranches (septembre 1861) [p. 18], de Corseul (septembre 1861) [p. 19], Dinan (septembre 1861) [p. 20 recto], Sens (sans date) [p. 20 verso ; p. 26], musée de Saint-Brieuc (septembre 1861) [p. 21-22], musée des Beaux-arts et musée archéologique de Dijon (sans date) [p. 23-25], Sens (sans date) [p. 26], Évreux (sans date) (p. 27-28], Neuvy-sur-Barangeon (février 1862) [p. 29-30], musée de Bourges (février 1862) [p. 31-32] et musée de Nevers (sans date) [p. 32-33].

Notes sur Cherbourg [p. 1-6], sur les découvertes archéologiques, numismatiques et épigraphiques du département de la Manche [p. 6-33 recto], copies de 3 inscriptions de Valogne [p. 33 verso-34] et notes sur les camps romains de la Manche [p. 35-38].

Notes sur Évry (10 juillet 1864), copies d'inscriptions d'Anvers (26 juillet 1864) [p. 2], Leyde (27-28 juillet 1864) [p. 3-22], Nimègue (31 juillet 1864) [p. 23-38], Cologne (1er août 1864) [p. 39-47].

Copies d'inscriptions de la collection Campana [p. 1-6], notes sur Strabon [p. 7-9 recto], notes sur le musée assyrien du Louvre [p. 9 verso-10], copies d'inscriptions provenant de Sens (avril 1862) [p. 11], du musée de Nantes (avril 1862) [p. 12-13], du musée de Vannes (avril 1862, dont dessins de monuments mégalithiques et d'objets divers de Locmariaquer et Plouharnel) [p. 14-16], Carhaix (avril 1862) [p. 17], de l’église de Lannion (sans date) [p. 18 recto], du musée de Rennes (avril 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 18 verso-20], du musée de Clermont-Ferrand (juin 1862, dont dessins d'objets divers) [p. 22-28], de Hyères (juin 1862) [p. 28 recto ; p. 30], copies de Saulcy provenant de Béziers (sans date) [p. 28 verso-29], Saint-Rémy (juin 1862, dont dessins des monuments de Glanum - tombeau des Jules et arc) [p. 31-37], Mâcon [p. 38-40] et Châlons-en-Champagne (juin 1862) [p. 41-42], Melun (14 avril 1864) [p. 43], notes diverses [p. 46 recto], observations sur la carte césarienne [p. 46 verso].

Copies d'inscriptions de Narbonne (10 mars 1863, dont notes sur le parcours de visite du musée et dessin d'après estampage) [p. 1-24 ; p. 41], de Montpellier (mars 1863) [p. 25-30], d'Orange (mars 1863) [p. 30-31], de Vienne (mars 1863) [p. 31-40] et de Beauvais (mars 1864) [p. 42-43].

Index des inscriptions de Narbonne (carnets 5 et 6) [p. 1-4], d’Arles (carnets 17 et 18) [p. 5-9], de Besançon, Luxeuil et du lac d’Antre (carnet 2) [p. 10-11], de Toulouse (carnet 5) [p. 12-14 recto] ; index des inscriptions d’Alise, Autun, Beaune, Châlons-en-Champagne, Dijon, Mâcon et Nevers (carnets 1, 2 et 3) [p. 16-17] ; Iovis Poeninus [p. 29 verso] ; deux inscriptions tirées de la Chorographie d'Honoré Bouche [p. 30 recto] ; la copie d'une inscription de Nîmes à Jupiter et Nemausus [p. 30 verso] ; les noms de peuples se terminant en -tani [p. 31] ; les inscriptions du procurateur Axius Aelianus [p. 32] ; une liste des inscriptions des mères et matrones [p. 33-36] ; itinéraire romain d'Emporium au Rhône (route d'Hannibal) avec observations [p. 74 verso-76] ; des inscriptions inédites d'Afrique (14 mai 1869) [p. 77-79 recto] ; un début de liste des pagi gallo-romains [p. 79 verso] ; une étude des provinces de l'empire romain à l'époque de la Notitia Dignitatium [p. 80 verso-81] ; un index général des carnets [p. 82] ; comparaison des cités de l’Aquitaine entre Loire et Garonne d’après plusieurs auteurs antiques [p. 83 recto] ; provinces des deux empires Orient-Occident [p. 83 verso] ; une liste des inscriptions comprenant le nom de l'Aquitaine [p. 84 recto ; p. 88 recto] ; des extraits de Strabon sur l'Espagne, deux essais sur l'Espagne et la Gaule [p. 84 verso-87] ; une liste des peuples de l'Aquitaine [p. 88 verso-90] ; le contenu des carnets épigraphiques [p. 91] ; notes sur l’avancement des feuilles d'inscriptions [p. 92-94] ; une liste des inscriptions estampées et non copiées dans les carnets [p. 95 recto] ; notes [p. 95 verso].

Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

« Album VII » : relevés d’inscriptions à l’encre et au crayon et annotées du musée de Saint-Germain, du musée Carnavalet et sur des estampages de La Blanchère (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), un dessin au crayon de la ville de Dieppe-Le Pollet, des croquis de portulans français (XVIe siècle principalement).

« Album I » : relevés d’inscriptions du musée de Douai, de cachets d’oculistes et d’empreintes de potier, au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), liste des noms et marques de potiers relevés sur les vases ou débris de vases du musée de Douai, dessins caricaturaux, dessins de sculptures de la galerie des grands hommes de Douai.
« Album II » : relevés d’inscriptions et marques de fabriques copiées dans les collections particulières ou extraites de manuscrits, au crayon ou à l’encre et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Carnet « III » : relevés d’inscriptions et de stèles funéraires des musées d’Évreux, de Rouen, de Melun, de Bourbon-Lancy, de Luxeuil, de Bourbonne-les-Bains, d’Amiens et de Champlieu (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), lettre de Mowat (24 août 1877), dessin au crayon et photographies de la ville d’Honfleur, carte manuscrite de l’embouchure de la Seine, dessins à l’encre et au crayon de monuments de Luxeuil, dessin au crayon de monuments de Pierrefonds, notes manuscrites prises à l’exposition universelle de 1878.