Album « IV » : relevés d’inscriptions épigraphiques et de marques de fabrique au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Album « V » : relevés d’inscriptions épigraphiques au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).

« Album I » : relevés d’inscriptions du musée de Douai, de cachets d’oculistes et d’empreintes de potier, au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), liste des noms et marques de potiers relevés sur les vases ou débris de vases du musée de Douai, dessins caricaturaux, dessins de sculptures de la galerie des grands hommes de Douai.
« Album II » : relevés d’inscriptions et marques de fabriques copiées dans les collections particulières ou extraites de manuscrits, au crayon ou à l’encre et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Carnet « III » : relevés d’inscriptions et de stèles funéraires des musées d’Évreux, de Rouen, de Melun, de Bourbon-Lancy, de Luxeuil, de Bourbonne-les-Bains, d’Amiens et de Champlieu (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), lettre de Mowat (24 août 1877), dessin au crayon et photographies de la ville d’Honfleur, carte manuscrite de l’embouchure de la Seine, dessins à l’encre et au crayon de monuments de Luxeuil, dessin au crayon de monuments de Pierrefonds, notes manuscrites prises à l’exposition universelle de 1878.

« Album VII » : relevés d’inscriptions à l’encre et au crayon et annotées du musée de Saint-Germain, du musée Carnavalet et sur des estampages de La Blanchère (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques), un dessin au crayon de la ville de Dieppe-Le Pollet, des croquis de portulans français (XVIe siècle principalement).

Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Copies d'inscriptions du musée algérien du Louvre [p. 1-7], de Toulouse (1857) [p. 8], du Puy (1857) [p. 8 verso-9], de Nizy-le-Comte (2 juillet 1859) [p. 10 recto], de Cherbourg (juillet 1859) [p. 10 verso-11], notes sur les voies romaines de Carentan (6 août 1859) [p. 12 recto], copies d’inscriptions du musée de Bayeux (août 1859) [p. 12 verso-14], notes et dessin de reliefs du musée de Caen (août 1859) [p. 15-16 recto], copies d’inscriptions d'Alise-Sainte-Reine (septembre 1859) [p. 16 verso ; p. 17 verso], du musée de Dijon (septembre 1859) [p. 17 recto ; p. 18-28 recto ; p. 34 recto ; p. 39-45], de Beaune (septembre 1859) [p. 28 verso-29 recto], d'Autun (septembre 1859) [p. 29 verso-38], d'Auxerre (21 septembre 1863) [p. 46-48 recto], de Triguères (septembre 1863) [p. 48 recto]et d'Autun [p. 48 verso], notes diverses [p. 52 verso-55].

Copies d'inscriptions et d’objets du musée de Besançon (octobre 1859) [p. 1-10 ; p. 40 verso ; p. 42-43], de Sens (1861) [p. 4 verso-8 verso ; p. 41 recto ; p. 48 verso-56], Auxerre (octobre 1859) [p. 11-14], Bordeaux (10 novembre 1859) [p. 15-18], Cahors (11 novembre 1859) [p. 19-20], Limoges (novembre 1859) [p. 21-26], Namur (mars 1861) [p. 26 verso], du musée de Bruxelles (mars 1861) [p. 27 verso-33], de Tongres (sans date) [p. 27-28 ; 29 verso-30], Gand (mars 1861) [p. 33 verso-34], d’Alise (mai-juin 1861, des armes et des objets divers) [p. 35 verso-43 verso], Dijon (mai-juin 1861) [p. 44-46] et Beaune (mai-juin 1861) [p. 46 verso-48 verso].

Copies d'inscriptions et dessins d’objets d'Angers (28 avril 1864) [p. 1-2], de Saumur (29 avril 1864) [p. 2-3], de Poitiers (30 avril-2 mai 1864, dont copie de M. de Longuemar) [p. 4-17], du musée de Niort (3 mai 1864) [p. 18-19], de Périgueux (4 mai 1864) [p. 20-35 recto], Limoges (5 mai [1864 ?]) [p. 35 verso-36], de la Pierre de Jabreilles (6 mai [1864?]) [p. 36-38], La Souterraine, Bridiers, Guéret et environs (sans date) [p. 39-43]. Deux copies de tirages en plâtre du musée de Saint-Germain [p. 44].