Le fonds Ernest Desjardins rassemble des archives privées. Il contient principalement des dossiers de travail personnels rassemblant des documents divers : albums, carnets, notes manuscrites, listes, lettres, croquis, dessins, cartes, coupures de presse,…
Cet ensemble a été classé en deux grandes parties qui ont trait à  :

• Travaux de recherche
• L’enseignement
  La partie « recherche » réunit ce qui semble être des relevés préparatoires en vue de publication d’ouvrages :
  Notice sur les monuments épigraphiques de Bavai et du musée de Douai, inscriptions, cachets d’oculistes, empreintes de potiers, voies romaines. Douai, 1873 (communication faite à la Société d’agriculture, sciences et arts de Douai. - extrait du T. XI, 2e série, de ses « Mémoires ») , L. Crépin.
  Acta musei nationalis Hungarici. Monuments épigraphiques du musée national hongrois, dessinés et expliqués. Budapest, 1873, impr. De l’Université royale hongroise par les soins de Dom Floris Romer.
  Desiderata du « Corpus inscriptionum latinarum » de l’Académie de Berlin. Notice pouvant servir de Ier (-Ve) supplément. Le Musée épigraphique de Pest. (Les Balles de fronde de la République. Guerre sociale, guerre servile, guerre civile.). Paris, 1873-1876, F. Vieweg.
  Quant à la partie « enseignement », elle rassemble principalement des notes manuscrites de cours qui lui servent, sans doute, pour ses leçons données à l’École pratique des hautes études.
  La plupart des documents ne sont pas datés. Toutefois, l’on peut se référer aux Annuaires de l’École pratique des hautes études (1874-1882) qui mentionnent la liste des élèves et auditeurs de Léon Renier et d’Ernest Desjardins, ainsi que le contenu des séances de cours portant sur divers sujets selon les années : tribus romaines, condition des personnes, cursus honorum, armée romaine,...

Album « IV » : relevés d’inscriptions épigraphiques et de marques de fabrique au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).
Album « V » : relevés d’inscriptions épigraphiques au crayon et annotées (description, transcription, dimensions, indications bibliographiques).

Carnet de notes manuscrites sur les colonies d’Arles, Nîmes et Vienne prises au cours de Léon Renier.

Fiches de notes manuscrites, relevés d’inscriptions, indications bibliographiques, coupures de journaux, lettre d’Ernest Desjardins à M. Naudet (18 avril 1875), carte de visite d’A. Terninck, invitations au mariage de Marie Agnès Smith et d’Auguste Bilger.