Le fonds Henri Hubert mêle intrinsèquement des archives publiques et des archives privées. Il est constitué essentiellement de dossiers de travail rassemblant des documents divers : carnets, notes manuscrites, tapuscrits, rapports, listes, lettres, cartes postales, croquis, dessins, cartes, tirages photographiques, revues, brochures, coupures de presse, extraits de notice, extraits de publications, tirés à part, factures, etc.
Ces dossiers sont classés dans huit grandes parties ayant trait à :

• la formation d'Henri Hubert au lycée Louis-le-Grand, à l’École normale supérieure et à l’École pratique des hautes études ;
• ses activités d'enseignant à l’École pratique des hautes études et à l’École du Louvre ;
• ses nombreux travaux de recherche en vue de publications ;
• ses activités d'attaché libre puis de conservateur adjoint au musée des Antiquités nationales (étude des collections et muséographie, acquisitions, gestion administrative, correspondance) ;
• ses voyages et missions sur le territoire français et à l'étranger ;
• sa participation à la sous-commission des monuments préhistoriques ;
• ses activités durant la Première Guerre mondiale et les mois qui suivirent l'armistice ;
• le rassemblement de ses ressources documentaires ;
  Une partie concerne ensuite sa vie privée, et le dernier article renferme de la correspondance postérieure à 1927.