Le Musée Gallo-Romain, aujourd’hui musée d’Archéologie nationale (MAN) constitue très tôt un fonds photographique de premier ordre qui ne va cesser de s’enrichir au cours des cent cinquante ans qui suivent l’ouverture du musée au public. Dès ses premières années, vont converger de nombreux témoignages photographiques des vestiges archéologiques que de nombreux photographes -amateurs ou professionnels extérieurs au musée- contribuent par leurs dons ou leurs vente à rassembler.
Peu après sa nomination en 1886 comme attaché au musée de Saint-Germain, Salomon Reinach décide la création d’un service photographique au musée dont l’activité est confiée au gardien bibliothécaire Justin Faron. C'est à compter de cette époque que la production interne au musée va s'accroître considérablement et répondre ainsi aux besoins des publications, des études scientifiques et de la promotion de l'établissement.
Aujourd’hui, l’iconothèque du service des Ressources documentaires compte environ cinq cent mille images, dont les formats et les supports sont l’écho du développement technique de la photographie. Nous y trouvons des photographies sur plaques de verre négatives et positives , des négatifs souples noir et blanc, des ektachromes, des épreuves originales d’époque, des épreuves plus tardives, des épreuves pour impressions photomécaniques, des tirages au collodion, sur papier albuminé et sur papier baryté, des contre-types et, depuis les années 2000, une somme considérable d’images numériques en pleine croissance . Sont illustrés les collections du musée, mais aussi des objets conservés dans d’autres musées ou chez des particuliers, des sites, des monuments, des muséographies, des portraits d’archéologues, le château de Saint-Germain et son domaine. À cela s’ajoutent les nombreux témoignages de la vie du MAN : portraits de ses directeurs, de ses agents et d’événements.
La diversité, la qualité et le volume étonnants du fonds pourraient laisser croire qu’il a toujours tenu une place de premier ordre parmi les fonds et collections du musée. Il n’en est rien. Sa constitution est encore mal connue, et un silence épais entoure ses producteurs et fournisseurs.

Le fonds est constitué de trois séries d’importances inégales :

• une série topographique : les planches concernant la France, qui constituent la majorité du fonds (385 planches), ont été distinguées des planches relatives aux pays étrangers (134 planches). Elles sont classées par pays pour les pays étrangers et par département et par commune pour la France. Cette série révèle l’importance de certains territoires géographiques comme les départements du Gard et de la Côte-d’Or ou de pays étrangers comme la Suisse ;
• une série typologique (163 planches) : regroupant des planches où la provenance des objets est mixte et qui se distinguent par une unité typologique de formes. Cinq ensembles ont été définis : armes, outils, parure et costume, récipients, sculpture, eux-mêmes subdivisés en sous-séries ;
• une série thématique (52 planches) constituée d’un dossier sur le signe S et d’un autre sur la figure du Gaulois.

Les planches sont cartonnées, de couleurs différentes et de dimensions standard, 22,5 x 28,8 cm, à de rares exceptions près (plusieurs planches concernant Bourges sont légèrement plus petites). Elles ressemblent beaucoup à celles utilisées par le musée d’Archéologie nationale à la même époque. La plupart des planches sont annotées : l’écriture d’Édouard Flouest y est reconnaissable, citant souvent à la première personne ses propres publications. L’appartenance des planches non annotées au fond est cependant plus incertaine, mais elles restent minimes. Rares sont les dessins directement réalisés sur les planches, il s’agit plus généralement de dessins réalisés sur papier ou sur calque qui ont ensuite été collés sur les planches cartonnées. L’une d’elle a été découpée pour donner à voir le recto et le verso de la feuille portant les dessins. D’autres documents graphiques sont également présents, comme des photographies ou des planches imprimées, extraites d’ouvrages ou d’articles publiés. Si Édouard Flouest avait un réel talent de dessinateur et aimait dessiner les objets d’après nature, ce qu’il signale souvent sur son dessin (ad. nat.), il copie bien souvent également les dessins d’autres archéologues qu’il mentionne expressément (« calque d’après un croquis de »). Nombre de ses planches ont ainsi été calquées sur les albums Cournault conservés soit au MAN, soit à la Bibliothèque nationale de France. D’autres recopient des dessins de Léon Alègre, d’Henry Revoil, de Jules Gaveau, d’Émilien Dumas, de Charles Bosteaux, de Joseph de Baye, du docteur Bourrée, de Pauline Hesse (ce dernier transmis par Ernest Chantre), etc. De nombreux dessins reprennent les illustrations d’ouvrages publiés, en particulier celui d’Edmond Tudot sur Collection de figurines en argile : œuvres premières de l’art gaulois avec les noms des céramistes qui les ont exécutées (1850), ceux de Grivaud de la Vincelle sur les Arts et métiers des Anciens et le Recueil des Monuments antiques, les catalogues de la vente de la collection Julien Gréau (1885) et celui de la collection H. Hoffmann (1888) par Fröhner et l’Essai sur les Dolmens du baron de Bonstetten (1865). Quelques rares dessins sont produits par des contacts d’Édouard Flouest, au nombre desquels se trouvent Charles Cournault, Léon Maxe-Verly, Henri Baudot, Ludovic Vallentin du Cheylard, A. de Serres, Henri Lorimy, M. Petitot-Bellavène, Victor Gross, Jules Chevrier, Jules Ollier de Marichard, Léon Morel, Auguste Nicaise et Charles Royer.
L’instrument de recherche présente une description de chaque planche du fonds, signalant les objets représentés, leur provenance et leur lieu de conservation lorsqu’ils étaient indiqués. Au sein d’un article, les planches se suivent sans retour à la ligne. Les références bibliographiques, dont la plupart sont signalées par Édouard Flouest lui-même, ont été ajoutées à la fin de chaque article.