Intendance générale de la Maison de l’empereur
À l’imitation de la Maison du roi de l’Ancien Régime, Napoléon Bonaparte fit renaître, par décrets des 28 floréal et 28 messidor an XII, les services chargés d’organiser le quotidien ordinaire et extraordinaire de la vie de Cour qui gravitait autour de sa personne. Chacun de ces services était placé sous la responsabilité d’un grand officier, mais l’ensemble des questions administratives relevait de l’Intendance générale de la Maison de l’empereur qui déchargeait ainsi les grands officiers de bien des préoccupations, mais permettait en même temps un contrôle strict des dépenses de la Cour, tirées sur un budget annuel de 25 millions de francs (la Liste civile). L’Intendant général fut Claret de Fleurieu (An XII-1805), puis Daru (1805-1811) et, enfin, Nompère de Champagny (1811-1814).

Administration des biens des anciennes sénatoreries réunis au Domaine de la Couronne
Instituées par la constitution de l’an X, les sénatoreries étaient des dotations constituées de domaines nationaux attribuées à des sénateurs, dans la mesure d’une sénatorerie par ressort de cour d’appel, soit 31 (puis 36) sur tout l’Empire. Le Sénat était nu-propriétaire des sénatoreries, le sénateur titulaire ayant la charge de la gestion et de la perception pour lui-même des revenus (l’usufruit). C’est donc la chancellerie du Sénat conservateur de l’Empire qui produisait les documents relatifs à ces propriétés. En 1814, lors de la restauration des Bourbons, les biens du Sénat, et donc des sénatoreries, furent réunis au Domaine de la Couronne et les sénateurs, titulaires ou non de sénatorerie, dédommagés par une pension versée à vie ainsi qu’à leurs veuves, le cas échéant. Une commission spéciale fut instituée par ordonnance le 16 juillet 1814 afin de reprendre la gestion des biens des sénatoreries,
payer les frais engagés et restituer à leurs anciens propriétaires, s’il y a avait lieu, les biens spoliés lors de la Révolution. Cette Commission royale pour la liquidation des biens du Sénat et des anciennes sénatoreries était placée sous l’autorité de la Maison du roi. En avril 1817, la commission cessa en tant que telle et l’un de ses membres, François-Basile de Calissanne, fut nommé administrateur des biens des anciennes sénatoreries réunis au Domaine de la Couronne, sous l’autorité de l’intendant du Domaine (Maison du roi) jusqu’au 31 décembre 1829. On considéra alors en effet que la réunion des biens de l’ancien Sénat au Domaine de la Couronne était accomplie. En avril 1837, les archives relatives à l’administration des biens de l’ancien Sénat furent versées par l’administrateur des Domaines de la Couronne aux Archives de la Couronne.

Commission de la liberté individuelle du Sénat conservateur de l’Empire
Instituée par la «constitution de l’an XII» ou sénatus-consulte du 28 floréal an XII [18 mai 1804], la Commission sénatoriale de la liberté individuelle, composée de sept sénateurs élus par le Sénat, avait pour mission d’étudier, généralement après une pétition des intéressés ou de leurs familles, le cas des prisonniers qui n’avaient pas été traduits devant les tribunaux dix jours après leur arrestation. Dans les cas où le prolongement de la détention ne lui semblait pas justifiée par l’intérêt de l’État, elle pouvait alors émettre un avis invitant le ministre compétent à traduire le prisonnier devant un tribunal ordinaire ou bien à le libérer. En cas de refus persistant du ministre, le Sénat pouvait alors voter une motion de présomption de détention arbitraire, ouvrant alors la possibilité d’une saisie de la Haute Cour impériale par le Corps législatif, procédure qui ne fut jamais suivie. Cette commission fonctionna jusqu’à la chute de l’Empire en 1814, et ses archives étaient tenues par la Chancellerie du Sénat conservateur de l’Empire. Une partie d’entre elles fut mélangée par erreur avec les archives concernant les sénatoreries et ont ainsi suivi leur dévolution