Le musée gallo-romain de Saint-Germain-en-Laye est fondé le 8 mars 1862 par décret impérial. Il est non seulement une réponse aux demandes réitérées d’archéologues, mais aussi à la passion que nourrit Napoléon III pour l’archéologie. L’empereur décide qu’il sera installé dans le château de Saint-Germain-en-Laye, haut lieu historique de l’Ancien Régime. Un vaste chantier de restauration du bâtiment, mené par Eugène Millet (1819-1879), élève d’Eugène Viollet-le-Duc (1814-1879), s’engage dès 1862 pour s’achever dans les années 1910. Il s’agit d’effacer les traces des agrandissements de Jules Hardouin-Mansart sous Louis XIV, les marques de l’occupation par l’école de cavalerie de Napoléon Ier, et enfin, les stigmates laissés par le pénitencier militaire fermé en 1855.
À sa création, le musée de Saint-Germain dépend du service des Musées impériaux dirigé par Émilien de Nieuwerkerke (1811-1892), qui est intégré à la Maison de l’Empereur. Le musée est attaché à la deuxième Conservation, ce qui signifie qu’il est sous l’autorité du conservateur des Antiques du Louvre, Adrien de Longpérier (1816-1882). Cet assujettissement ne s’achève officiellement qu’en 1867, à la nomination d’Alexandre Bertrand comme conservateur du musée gallo-romain.
Le musée est inauguré par Napoléon III en personne le 12 mai 1867 en présence de Félicien de Saulcy, Jean-Baptiste Verchère de Reffye (1821-1880), Alexandre Bertrand (1820-1902), Édouard Lartet (1801-1871), Eugène Viollet-le-Duc, Alfred Maury (1817-1892), le comte de Nieuwerkerke, Adrien de Longpérier. Tous associés étroitement à la conception et à l’organisation de l’établissement. À cette occasion l’empereur offre au musée les deux premiers volumes de l’Histoire de Jules César, dont le tome I est dédicacé de sa main, montrant par-là l’extrême attention qu’il porte à la nouvelle institution.

La série ancienne thématique GG rassemble :

• Actes provenant des paroisses : baptêmes, mariages, sépultures antérieurs au 20 septembre 1792.
• Registres protestants postérieurs à la révocation de l'édit de Nantes (à noter que les greffes des sièges royaux, bailliages ou sénéchaussées ont pu conserver un exemplaire des registres anciens d'état civil, registres qui ont été, par la suite, transférés aux différentes Archives départementales).
• Correspondance avec l'intendant concernant les naissances, mariages et décès.
• Clergé séculier et régulier, chapelles, confréries, comptes et inventaires de fabriques (documents concernant les rapports de la ville avec les établissements religieux, à l'exclusion des documents faisant parties des archives de ceux-ci. Ces derniers se trouvent aux Archives départementales. Toutefois, les archives communales peuvent comprendre exceptionnellement des expéditions de comptes et inventaires de fabriques établies pour être présentées au corps de ville. Le caractère municipal de ces expéditions apparaît soit par le protocole initial ou final, soit par les formules de collation).
• Exercice de la religion réformée, poursuites contre les protestants, saisie et gestion de leurs biens.
• Culte israélite.
• Universités, collèges, jésuites, oratoriens, etc.; écoles de droit, de médecine, de dessin, de sciences et arts (documents relatifs aux rapports de la municipalité avec ces établissements, sauf le cas où il s'agirait d'institutions municipales disparues avant 1789 et dont les archives propres se seraient trouvées régulièrement réunies à celles de la ville) ; petites écoles.
• Représentations théâtrales.
• Médecins, chirurgiens et sages-femmes.
• Règlements et administration des hôpitaux, maladreries, asiles d'aliénés, bureaux de secours (documents relatifs aux rapports de la municipalité avec ces établissements ou concernant la part dévolue au corps de ville dans leur administration). Santé maritime.
• Mendicité.
• Épidémies.

Trois dictionnaires étaient initialement prévus.

Ces clichés ont été réalisés, pour la plupart, à partir d'ouvrages, de reproductions photographiques ou planches iconographiques.

Portrait d’Adolphe Moreau (?) : tirage photographique de Waléry à Paris (1889 ?).

La série ancienne thématique II contient :

• Tabellionages municipaux (minutes et protocoles provenant du tabellionages exercé par la municipalité, dans certaines villes).
• Documents acquis ou donnés.
• Inventaires et récolements anciens et modernes des archives anciennes et du mobilier.
• Cartes, plans (les plans pliés sont joints aux dossiers qu'ils concernent; sont seuls groupés ici les plans qui ne se rattachent à aucun dossier, ou ceux qui, en raison de leur format, doivent être rangés à part ; mais ils doivent, dans ce cas, être représentés à leur place ,normale par une fiche de renvoi) ; manuscrits et estampes.
• Documents municipaux ne se rattachant pas aux séries précédentes.

Correspondance de Jean Hubert liée à son travail de fouilles à Sens : courriers, calque, photographie (tirage positif) (1930-1931).
Courrier demandant à Jean-Pierre Mohen de prendre en charge la correspondance de Salomon Reinach (1987).